Kilka tysięcy lat temu mieszkańcy Atlantydy stworzyli kwitnącą cywilizację. Atlantyda była u szczytu swej potęgi, kiedy król i jego poddani postanowili użyć swych niezwykłych mocy do przejęcia władzy nad światem. Wybuchł otwarty konflikt, który doprowadził do zagłady miasta. Zmieciona z powierzchni ziemi Atlantyda zniknęła bez śladu i wszelki słuch o niej zaginął. Aż do teraz... Rok 1914. Milo James Thatch, młody kartograf i lingwista, bezskutecznie stara się przekonać kolegów z muzeum, w którym pracuje, że wie, gdzie znajduje się legendarna Atlantyda. Jego nieżyjący już dziadek, Thaddeus Thatch, opowiedział mu o tajemniczym "dzienniku Shepherda", starożytnej księdze, która zawiera klucz do odnalezienia zaginionego lądu. Nikt nie daje wiary słowom Milo...
W chwili, gdy Milo traci nadzieję, iż kiedykolwiek wyruszy na poszukiwanie Atlantydy, wezwany zostaje do domu ekscentrycznego multimilionera, Prestona B. Whitmore'a, gdzie na własne oczy po raz pierwszy ogląda legendarny "dziennik Shepherda". Whitmore oświadcza zdumionemu chłopakowi, że gotów jest sfinansować ekspedycję, która wyruszy na poszukiwanie "zaginionego lądu". Na czele ekspedycji, której członkami będą geolodzy, pirotechnicy, mechanicy i medycy, stanie komandor Rourke. Milo służyć im będzie swą wiedzą językoznawcy... Ekspedycja wyrusza w nieznane na pokładzie ogromnej łodzi podwodnej o nazwie "Ulysses". Na drodze do Atlantydy staje jej olbrzymi, przypominający kraba potwór Lewiatan. Członkowie ekspedycji cudem uciekają w kapsułach ratunkowych, podczas gdy Lewiatan roznosi łódź na strzępy. Kierując się wskazówkami zawartymi w "dzienniku Shepherda" podróżnicy docierają do zaginionego miasta...
Na miejscu spotykają piękną księżniczkę Kidę i ku swemu zdziwieniu odkrywają, że Atlantyda jest zamieszkała przez ludzi. Energia z kryształów pozwala im przetrwać we wnętrzu Ziemi od wieków.
Kida prowadzi podróżników przed oblicze swego ojca, króla Atlantydy, który w obawie o los swoich poddanych nakazuje im natychmiast opuścić miasto. Rourke prosi go o zwłokę - potrzebuje czasu, by odpocząć i zgromadzić zapasy na drogę powrotną... Kida zabiera Milo na wycieczkę po Atlantydzie. Wspólnie odkrywają, że kryształy żyją własnym życiem i ukryte są w głębi miasta. Milo dzieli się tą wiadomością z Rourke'iem. Ku swemu przerażeniu przekonuje się, że komandor od początku wiedział o istnieniu bezcennych kryształów, a teraz planuje wywieźć je z miasta i sprzedać na aukcji... Gdy Milo postanawia pokrzyżować mu szyki, Rourke porywa Kidę i kryształy i postanawia wypłynąć z nimi na powierzchnię. Milo ożywia atlantydzką armadę latających kamiennych ryb i rusza za nim w pościg...
"Atlantyda: zaginiony ląd" to szerokoekranowy film animowany, który łączy elementy animacji tradycyjnej, dwuwymiarowej i komputerowej, trójwymiarowej.
