Za stronę plastyczną filmu odpowiedzialni byli kierownik artystyczny Dave Goetz, który współpracował wcześniej z Donem Hahnem, Garym Trousdale'em i Kirkiem Wise'em przy "Dzwonniku z Notre Dame" i Mike Mignola, ceniony rysownik komiksów.
Kirk Wise mówi: Zaczęliśmy od tego, że powiedzieliśmy sobie, czego nie chcemy. Nie chcieliśmy wodnych ludzi, ani ludzi-ryb ze skrzelami, który żyliby w wielkiej podwodnej kopule. Chcieliśmy, by nasza Atlantyda była matką cywilizacji, zaczęliśmy więc od badań nad architekturą starożytnych kultur. Filmowa Atlantyda jest syntezą wielu różnych kultur: chińskiej, południowoamerykańskiej i bliskowschodniej. Zależało nam bowiem, by widzowie zrozumieli, że kultura atlantydzka miała wpływ na wszystkie inne kultury.
Dave Goetz dodaje: Chcieliśmy zerwać z tradycją, która każe widzieć w Atlantydzie podwodne miasto z greckimi kolumnami. Zwróciliśmy więc uwagę na styl Mike'a Mignoli, który opiera się na dominacji czarnych cieni, sylwetek, nakładających się warstw i kanciastych postaci. Spodobał nam się także styl, w których utrzymane były plakaty z okresu I wojny światowej. Zauważyliśmy bowiem, że wszechobecne na nich wielkie, czarne cienie doskonale harmonizują z pracami Mignoli. Konwencję, na jakiej na zależało, nazwaliśmy nawet "plakatową". Połączenie stylu Mignoli z disneyowską animacją zyskało z kolei miano "Disnoli". Zależało nam także na włączeniu do filmu elementów stylu "industrialnego", charakterystycznego dla okresu rewolucji przemysłowej, w którym toczy się akcja. Nasze pojazdy i rekwizyty są więc przyciężkawe, jakby zbudowano je z żelaznych płyt połączonych nitami. Z dzisiejszego punktu widzenia mogą się wydać niezdarne, nie są bowiem aerodynamiczne i nie wyglądają zbyt pięknie. Celowo unikaliśmy stylu wiktoriańskiego, z jego aksamitami i mosiężnymi detalami. W naszej Atlantydzie widać wpływy południowoazjatyckie lub indiańskie. Panuje tam wilgotny klimat tropikalny, przez co miejsce to kojarzy się z rajem. Jak okiem sięgnąć wszędzie rozciągają się kamienne ruiny porośnięte dzikim winem.
Mike Mignola, który od 16 lat zajmuje się rysowaniem komiksów, przyznaje, że praca nad pełnometrażowym filmem animowanym, była dla niego zupełne nowym doświadczeniem. Jak mówi: Zwykle pracuję sam w pokoju i nie odzywam się do nikogo. Nagle znalazłem się w świecie, gdzie ludzie bez przerwy organizują sobie zebrania - poczułem się jak w szkole. Od początku miałem sprecyzowane wyobrażenia na temat tego, jak powinna wyglądać filmowa Atlantyda, bo nosiłem w sobie gotowe projekty. Wpadłem na pomysł, by Atlantyda była górą, podczas gdy my oglądać będziemy jedynie sam jej wierzchołek. Muszę przyznać, że lubię gromadzić najróżniejsze idee i motywy, by potem złożyć z nich cały obrazek. Sądzę, że fani komiksów pokochają nasz film za jego niezwykły kształt plastyczny. Nie przypominam sobie, by w jakimkolwiek wcześniejszym filmie animowanym przykładano tak wielką wagę do zagadnień technicznych. Nasze okręty podwodne i wnętrza są wprost zdumiewające!
Odpowiedzialna za tło i drugi plan Lisa Keene mówi: Przez lata przywykliśmy do wypełniania tła mnóstwem szczegółów, tym razem jednak styl całego filmu wymagał od nas większej powściągliwości. Musieliśmy wrócić do podstaw i na nowo odkryć znaczenie światła i cienia, formy i tła. Nawet, gdy masz do czynienia z płaskim obiektem graficznym, możesz przydać mu znacznej głębi, jeśli ukażesz go we właściwej perspektywie. Dzięki "Atlantydzie" doceniliśmy wartość prostoty.
Prace wszystkich wydziałów nadzorował koordynator artystyczny Chris Jenkins, który mówi: Praca nad "Atlantydą" była niezwykle skomplikowana, bo mieliśmy do czynienia z wielkim filmem sensacyjno-przygodowym. Oglądamy w nim wielu bohaterów, ekstrawaganckie kostiumy i broń oraz efekty tradycyjne i komputerowe, a wszystko to na szerokim ekranie. Wszystko chcieliśmy zrobić lepiej niż ktokolwiek przed nami. Kluczem do powodzenia całego przedsięwzięcia była sprawna komunikacja między wszystkimi wydziałami.
Odpowiedzialny za kompozycję Ed Ghertner mówi: Szeroki ekran był naturalnym wyborem, bo "Atlantyda" jest epickim widowiskiem przygodowym, a format ten pozwala znacznie rozszerzyć pole widzenia. Mieliśmy więcej miejsca, dzięki czemu akcja staje się bardziej dynamiczna, a sceny dłuższe. Z drugiej jednak strony musieliśmy dbać, by postacie wykazywały maksymalną aktywność, bo w przeciwnym razie akcja stałaby się nudna. Koordynator pracy animatorów Marshall Toomey mówi: Musieliśmy dołożyć wszelkich starań, by wpisać kanciaste, płaskie postacie w przestrzenne tło. Pomogli nam w tym animatorzy, którzy wydobyli ze swych bohaterów prawdziwe emocje. Myślę, że udało nam się osiągnąć rzadko spotykaną spójność wizualną.
