Pomysł animowanego filmu opartego na micie Atlantydy powstał w roku 1992. Jesienią 1996 producent Don Hahn oraz reżyserzy Kirk Wise i Gary Trousdale zakończyli prace nad "Dzwonnikiem z Notre Dame" i zabrali się za nowy projekt. "Atlantyda" miała łączyć w sobie elementy klasycznego disneyowskiego filmu przygodowego spod znaku "20.000 mil podmorskiej żeglugi", "Szwajcarskich robinsonów" i "Dzieci kapitana Granta" oraz współczesnych filmów przygodowych, takich jak seria o przygodach Indiany Jonesa.
Don Hahn mówi: "Chcieliśmy nawiązać do gatunku filmów przygodowych, z których Disney słynął w latach 50-tych, a który ożywili dwadzieścia lat temu Lucas i Spielberg dzięki "Gwiezdnym wojnom" i "Poszukiwaczom zaginionej arki". Postanowiliśmy, że zrealizujemy widowiskowy, szerokoekranowy epicki film animowany. Podczas gdy Disney wyruszał zwykle do krainy Fantazji, my postanowiliśmy zabrać widza do Krainy Wielkiej Przygody".
Kirk Wise mówi: "Rozmawialiśmy o słynnych odkrywcach i wielkich wyprawach, a naszą wyobraźnię rozpaliły opowieści o zaginionych światach, utraconych cywilizacjach i potworach. W końcu postanowiliśmy, że bohaterami naszego filmu będą śmiałkowie, którzy wyruszają na poszukiwanie zaginionej cywilizacji Atlantydy. Zgromadziliśmy wyczerpującą dokumentację tematu obejmującą zarówno prace naukowe, jak i najbardziej fantastyczne teorie. Doszliśmy do wniosku, że jeśli połączymy naukę z fantazją, otrzymamy wymarzony materiał na film. I tak też się stało...".
Hahn, Trousdale, Wise, kierownik artystyczny Dave Goetz i koordynatorzy animacji nie ograniczyli się tylko i wyłącznie do studiowania prac naukowych. Odwiedzili m.in. liczne muzea, w których oglądali zachowane mundury i maszyny z okresu I wojny światowej; stocznie w Baltimore, gdzie zwiedzali zachowane okręty podwodne z tamtych czasów; muzeum armii Stanów Zjednoczonych w Maryland, które może się poszczycić największą kolekcją pojazdów opancerzonych na świecie oraz Carlsbad Caverns w Nowym Meksyku, gdzie zjechali na głębokość 250 metrów, by podziwiać podziemne chodniki, które stały się potem inspiracją dla filmowej Atlantydy.
