Jan jest wyjątkowo uzdolnionym organistą, więc szybko dostaje pracę w kościele. Ma dom, rower, kilka ubrań. Udaje mu się zbudować małe szczęście. Zjednuje sobie także przełożonych. Szczególne miejsce zajmuje w sercu pani pastor i jej kilkuletniego syna Jensa. Bojąc się odrzucenia, Jan postanawia zataić przed nimi swoją przeszłość. Ale ta powraca - niespodziewanie i szybciej niż się tego spodziewał. Przypadek sprawia, że do kościoła, w którym gra, przychodzi Agnes. W młodym organiście kobieta rozpoznaje chłopaka, który wiele lat temu brutalnie zamordował jej czteroletniego synka?
Nie bez znaczenia jest fakt, że Jan po odbycia wyroku, trafia do kościoła. Tu staje twarzą w twarz z Bogiem. Konfrontuje siebie z wiarą, przeszłością, teraźniejszością. Tu zaczyna kochać i być kochanym. Tu układa na nowo swój świat. Tu też dopada go kara - mimo, że spędził w więzieniu kilka lat, musi jeszcze odpokutować w sensie ludzkim. "Zniknięcie" dotyka kilku spraw - opowiada o matce, która traci dziecko, mężczyźnie, który staje się mordercą, o wybaczaniu i akceptowaniu przeszłości.
"Zniknięcie" to trzecia i ostatnia część trylogii Erika Poppe. Pierwsza część "Schpaaa" to opowieść o młodym chłopaku, który jest kryminalistą, druga "Hawaje. Oslo" to historie kilku osób, których drogi krzyżują się pewnego upalnego dnia (norweski kandydat do Oscara 2004).