W filmie harmonijnie połączono tradycyjne sekwencje aktorskie, te grane na "green screenie", efekty komputerowe oraz 3D. Ken Ralston, odpowiedzialny za efekty specjalne, powiedział, że zdecydowano, iż należy połączyć wszystkie te techniki, by udało się spełnić wizję Burtona. - Pragnęliśmy, by widzowie poczuli się porwani w podróż, chcieliśmy ich zabrać do dziwnego świata - tłumaczył Ralston.
To wręcz legendarna postać, wielki innowator. Był jednym ze współzałożycieli słynnej firmy Industrial Light and Magic George'a Lucasa, pracował między innymi przy "Gwiezdnych wojnach", "Powrocie do przyszłości", "Forreście Gumpie" czy "Beowulfie". Jest laureatem czterech Oscarów.
Sceny rozgrywające się w realnym świecie nakręcono w Cornwell w Anglii, wszystkie zaś sceny z Podziemia nakręcono w green-screen stages w Culver Studios w Los Angeles. Otoczenie dodano komputerowo w postprodukcji.
Jednym z wielkich wyzwań było sfilmowanie powiększonej dwukrotnie głowy Czerwonej Królowej, tak by wyglądało to jak najbardziej naturalnie. W tym celu skonstruowano dwa systemy skomplikowanych kamer. Najwięcej trudności sprawiła szyja Królowej.
Z kolei jeśli chodzi o Kapelusznika, dużym wyzwaniem były jego oczy. - Jeśli byśmy przesadzili, wyglądałyby jak z kreskówki. A jeśli byśmy postąpili zbyt delikatnie, efekt byłby po prostu niedostrzegalny - wyjaśniał Tom Peitzman, reżyser efektów wizualnych. Starano się też oddać zmiany nastroju bohatera - gdy jest przygnębiony, pojawiają się szare cienie, gdy jest w dobrym nastroju - rozkwita i wibruje.
Crispin Glover musiał posługiwać się specjalnymi szczudłami, ponieważ tylko jego głowa grała, a Matt Lucas miał specjalny, szczelny zielony kostium, wszędzie prócz głowy. Wszyscy aktorzy musieli natężyć całą swą wyobraźnię, bo na planie był tylko wielki zielony ekran oraz partnerzy, też w zielonych ubraniach.
Różnica rozmiarów postaci przysparzała wielkich kłopotów. Ralston tłumaczył: - Zwykle robi się to tak: filmujesz Kapelusznika, a potem Alicję. Ale w szczególnie ważnych scenach postępowaliśmy inaczej. Kręciliśmy obie postaci naraz. To było naprawdę trudne. Operator Dariusz Wolski ("Fan", "Piraci z Karaibów") podsumowywał: - Jeśli ktoś mnie pyta, jak nakręciliśmy ten film, odpowiadam pytaniem: A które ujęcie? Kręcono w technice 2D, a potem dokonywano konwersji na 3D. Burton uważał bowiem, że przyspiesza to pracę, a jakość zdjęć jest identyczna. Nowy film Burtona był niezwykłym przedsięwzięciem technicznym, ale reżyser i inni twórcy filmu podkreślali, że technika zawsze jest tylko środkiem do celu. A tym celem była - jak zwykle w jego przypadku - "tajemnicza, magiczna podróż" w świat nieokiełznanej wyobraźni.
