Fabuła "Franklina i Skarbu Jeziora" zamknięta jest w ramach jednej historii, nie trzeba więc znać
serialu, aby móc w pełni zrozumieć film. Jego akcja rozpoczyna się od retrospekcji - babcia Franklina przypomina sobie, jak w dzieciństwie spędzonym nad Jeziorem Żółwi zakopała w ziemi kapsułę czasu z przedmiotami należącymi do członków jej rodziny. Wkrótce potem wszyscy oni zginęli w tragicznym wypadku, z czym biedaczka tylko z pozoru zdążyła się pogodzić w trakcie swojego 80-letniego życia.
Gdy przenosimy się do teraźniejszości, oglądamy Franklina i jego kolegów wesoło bawiących się w piratów gdzieś w lesie. W drodze powrotnej do domu Franklin odkrywa, że ktoś wtargnął na teren opustoszałego domostwa jego cioci Lusi. Sprawdzając, co tam się wydarzyło, daje się wystraszyć nieznanej sobie kuzynce Sapci, która używa do tego jednej z masek przywiezionych przez ciocię z dalekich podróży.
Franklin przybiega do domu i opowiada rodzicom o strasznym potworze grasującym w posiadłości cioci, ale ci informują go, że Lusia właśnie przyjechała wraz ze swoją chrzestną córką, która najwyraźniej musiała sobie z niego w ten sposób zażartować. Niechęć Franklina do Sapci wzrasta, gdy jego rodzice wyjawiają podczas rodzinnego obiadu z Lusią, że takie samo imię jak jej podopieczna nosi ukochana przytulanka Franklina - pluszowy piesek Sapcio.
Tymczasem na zagadkową chorobę zapada babcia. Ciocia Lusia opowiada Franklinowi i Sapci historię niezwykłego talizmanu, który staruszka umieściła kiedyś w kapsule czasu i którego nigdy potem nie udało się odnaleźć, choć próby takie podejmowała sama Lusia. Małe żółwiki dochodzą do wniosku, że moc amuletu z pewnością pomogłaby babci wrócić do zdrowia i organizują grupę poszukiwawczą, która ma wyprawić się nad oddalone o dzień drogi Jezioro Żółwi.
W skład ekspedycji wejdą ciocia Lusia, Sapcia i Franklin, a także trójka jego zaufanych przyjaciół. Całą szóstkę czeka mnóstwo niesamowitych przygód, które - jak twierdzi John van Bruggen, scenarzysta "Franklina i Skarbu Jeziora" - podnoszą dynamikę akcji do poziomu znacznie wyższego aniżeli dotychczas nam znany, ale bez szkody dla tego, co w filmach z Franklinem zawsze było najistotniejsze: serdecznych stosunków między bohaterami oraz poczucia bezpieczeństwa emanującego z przedstawianego świata.