Urodził się 3 kwietnia 1942 roku. W młodości uprawiał kulturystykę, chciał zostać architektem, ale w ostatniej chwili zdecydował się na studia w warszawskiej Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej, którą ukończył w 1965 r. Po dyplomie zadebiutował 4 listopada 1965 r.,- przez cztery lata grał na deskach warszawskiego Teatru Klasycznego, a potem w Teatrze Komedia.
Już na początku lat 60. wystąpił w telewizyjnym Studiu Poetyckim Andrzeja Konica. Grał w zrealizowanych dla potrzeb Teatru Telewizji przedstawieniach dramatów m.in. Tomasza Manna, Stanisława Wyspiańskiego, Williama Szekspira, Roberta Sherwooda.
Na dużym ekranie debiutował w 1965 r. rolą zbójnika z bandy, która napada na Helenę (Pola Raksa) i Rafała (Daniel Olbrychski) w "Popiołach" Andrzeja Wajdy. W 1969 r. wystąpił w popularnym serialu "Pan Wołodyjowski" (zagrał Adama Nowowiejskiego), a później w wielu filmach, m.in. "Polowaniu na muchy" (1969), "Brzezinie" (1970), "Piłacie i innych" (1971) i "Weselu" (1972).
W pierwszej połowie lat 70. był dyrektorem Teatru Komedia w Warszawie. W tym też czasie, w latach 1973-74, zagrał tytułową rolę w serialu "Janosik", w reżyserii Jerzego Passendorfera, która przyniosła mu olbrzymią popularność.
Później jednak zniknął ze sceny - na początku lat 80. wyjechał do Australii, gdzie prowadził amatorskie kluby literacko-teatralne i założył Tymczasowe Towarzystwo Miłośników Teatru im. Witkacego. Wystawiał spektakle i organizował wieczory wspominkowe. Przez ponad 15 lat nie występował na polskich scenach teatralnych ani przed kamerami.
Zaraz po powrocie do Polski zagrał Nianię w "Królewnie Śnieżce i krasnoludkach" wg braci Grimm (1994) w reż. Krzysztofa Kolbergera na scenie Teatru Komedia. Był Wernyhorą w "Weselu" Stanisława Wyspiańskiego (1995) oraz Tatusiem Muminka w "Lecie Muminków" wg Tove Jansson (1995).
Od 1998 do 2003 r. był dyrektorem naczelnym i artystycznym Teatru im. Mickiewicza w Częstochowie. Współpracował wówczas z wieloma reżyserami, m.in. Krystyną Jandą, Andrzejem Łapickim, Janem Kobuszewskim. W 2000 r. za rolę Wernyhory w "Weselu" (1999) w reż. Hanuszkiewicza w Teatrze im. Mickiewicza w Częstochowie został uhonorowany Złotą Maską w Katowicach. Od 2003 r. Perepeczko współpracował z Teatrem Dramatycznym im. Jerzego Szaniawskiego w Płocku.
Pod koniec lat 90. wrócił do serialu - zagrał Komendanta w sitcomie "13. posterunek" Macieja Ślesickiego (1997-98), a także w drugiej części, nakręconej w 2000 r.. Równocześnie mogliśmy go zobaczyć w "Panu Tadeuszu" Wajdy (1999, w roli Macieja Chrzciciela). Zagrał też drugoplanową postać Don Corazziego w "Dublerach" Marcina Ziębińskiego (premiera w styczniu 2006 r.)
W czwartek, 17 listopada, ciało Marka Perepeczki znalazła w jego domu policja, wezwana przez znajomego aktora, który wcześniej próbował się z nim skontaktować. Po otrzymaniu zgody rodziny, policjanci weszli do mieszkania, rozwiercając zamki w drzwiach.
W oficjalnym komunikacie Komendy Wojewódzkiej Policji w Katowicach czytamy: "Jak wynika ze wstępnych ustaleń funkcjonariuszy i lekarza, aktor zmarł najprawdopodobniej z przyczyn naturalnych. Czynności na miejscu zdarzenia są nadzorowane przez prokuratora, który zarządził już sekcję zwłok".
Przyjaciele i współpracownicy Marka Perepeczki są zaskoczeni jego śmiercią. Marian Kociniak, odtwórca postaci Murgrabiego z serialu o Janosiku, o śmierci Perepeczko dowiedział się z mediów.
"To dla mnie wielki wstrząs. Za wcześnie jeszcze, żeby o nim mówić. Świadomość, że Marek umarł, jeszcze do końca do mnie nie dotarła" - powiedział aktor.
Perepeczko - jak sam często podkreślał - najchętniej oglądał filmy Ingmara Bergmana, Andrzeja Wajdy i komedie Juliusza Machulskiego. Wzorem do naśladowania byli dla niego: Tadeusz Łomnicki, z którym miał okazję pracować na planie filmów "Potem nastąpi cisza" i "Pan Wołodyjowski" oraz Laurence Olivier.
