Pasikowski ukończył kulturoznawstwo na Uniwersytecie Łódzkim, a następnie w 1988 roku wydział reżyserii w Państwowej Wyższej Szkole Filmowej, Teatralnej i Telewizyjnej w Łodzi. W czasie studiów zrealizował kilka etiud. Zaraz po uzyskaniu dyplomu zaczął pracować nad pełnometrażowym debiutem.
"Kroll" ukazał się w 1991 roku i z miejsca stał się wydarzeniem. Film opowiadał o młodym wojskowym (Olaf Lubaszenko), który na wieść o romansie żony dezerteruje ze swojej jednostki. W ślad za nim wyruszają porucznik Arek (Bogusław Linda) i kapral Wiaderny (Cezary Pazura). Produkcja była nasycona przemocą i wulgaryzmami. Cześć recenzentów była przerażona, ale odbiór widowni był jednoznacznie pozytywny. Pasikowski otrzymał nagrodę za debiut podczas festiwalu w Gdyni, natomiast Linda i Pazura nagrody aktorskie.
W 1992 roku Pasikowski zaprezentował swój drugi film i tym samym przeszedł do historii polskiej kinematografii. "Psy" opowiadały historię Franza Maurera (Bogusław Linda) i Ola Żwirskiego (Marek Kondrat), byłych funkcjonariuszy SB, którzy po zmianie ustroju stają po różnych stronach prawa. Jeden przechodzi do policji, drugi dołącza do mafii. Film jest często nazywany próbą rozliczenia się z epoką PRL-u.
"Psy" są uważane za jeden z najważniejszych polskich filmów lat dziewięćdziesiątych. Część widzów była oburzona scenami, w której pijani esbecy śpiewają "Balladę o Janku Wiśniewskim" lub morderstwem nawiązującym do zabójstwa księdza Jerzego Popiełuszki. Film znalazł też szerokie grono odbiorców, głównie z powodu formy, niespotykanej dotychczas w polskim kinie. Z kolei dialogi powtarzane są do dziś. "Psy" otrzymały pięć nagród podczas Festiwalu w Gdyni: za reżyserię, główną rolę męską (Bogusław Linda), drugoplanową żeńską (Agnieszka Jaskółka), montaż i muzykę.
W 1994 roku Pasikowski zrealizował kontynuację "Psów" pod tytułem "Psy: Ostatnia krew". Nie powtórzyła ona jednak sukcesu pierwszej części. Chociaż jego kolejny film, licealny dramat "Słodko-gorzki", przyniósł mu drugą nagrodę za reżyserię podczas Festiwalu w Gdyni, także on spotkał się z negatywnymi recenzjami.
Pasikowski nie potrafił powtórzyć sukcesu pierwszych "Psów". Jego kolejne filmy: wojenne "Demony wojny według Goi" (1998) i "Operacja Samum" (1999) spotykały się z chłodnym przyjęciem publiczności i recenzentów. Jednak te rekcje były niczym w obliczu krytyki, jaka spadła na Pasikowskiego po premierze "Reichu" (2001). Opinie były bezlitosne. Wieszczono koniec kariery reżysera.
Po porażce "Reichu" Pasikowski zrobił sobie ponad dziesięcioletnią przerwę od reżyserii filmów fabularnych. W tym czasie zrealizował uznawany dziś za kultowy serial "Glina" z Jerzym Radziwiłowiczem i Maciejem Stuhrem. Pisał także scenariusze, między innymi do "Katynia" Andrzeja Wajdy i "Hansa Klosa. Stawki większej niż śmierć" Patryka Vegi.
Pasikowski wrócił do kręcenia filmów fabularnych po ponad dekadzie. Jego "Pokłosie" z 2012 roku wywołało burzę w mediach. Fabuła filmu nawiązywała do zbrodni w Jedwabnem. Opowiadała o dwójce braci, którzy odkrywają tajemnicę z czasów niemieckiej okupacji związaną z ich rodzinnym miasteczkiem. Otwarty konflikt z mieszkańcami wsi prowadzi do tragicznego finału.
Premierze filmu podczas Festiwalu Polskich Filmów Fabularnych w Gdyni towarzyszyły kontrowersje. Z jednej strony chwalono Pasikowskiego za podjętą tematykę. Gratulację złożył mu ówczesny minister kultury Bogdan Zdrojewski, swoje uznanie wyraził także Andrzej Wajda. Z drugiej strony pojawiły się zarzuty o antypolską wymowę i ukazywanie relacji polsko-żydowskich w skrajnie negatywny świetle. Pasikowski nie odpowiedział na te zarzuty. Z kolei Maciej Stuhr, odtwórca jednej z głównych ról, stwierdził, że w Polsce łatwiej powiedzieć: "Jestem gejem" niż "Jestem Żydem".
W 2014 roku do kin wszedł kolejny film Pasikowskiego, "Jack Strong". Opowiadał on prawdziwą historię pułkownika Ryszarda Kuklińskiego, oficera Ludowego Wojska Polskiego, który zdecydował się na współpracę z CIA. Z tego powodu życie Kuklińskiego oraz jego najbliższych było przez cały czas zagrożone. W pracach nad scenariuszem pomagał między innymi David Forden, który nadzorował działalność pułkownika. Obok polskich aktorów: Marcina Dorocińskiego, Mai Ostaszewskiej i Pawła Małaszyńskiego, wystąpił także amerykański gwiazdor Patrick Wilson. Pasikowski otrzymał za "Jacka Stronga" trzecią nagrodę za reżyserię podczas festiwalu w Gdyni.
Następny projekt reżysera wszedł do kin w 2018 roku. Był to "Pitbull. Ostatni pies", kontynuacja serii tworzonej do tej pory przez Patryka Vegę. W filmie powróciły postaci, które nie pojawiały się na ekranie od zakończenia trzeciego sezony kultowego serialu: Despero (Marcin Dorociński), Metyl (Krzysztof Stroiński) i Nielat (Rafał Mohr). Jedną z głównych ról zagrała także piosenkarka Dorota "Doda" Rabczewska. Film otrzymał dużo lepsze oceny, niż te zrealizowane wcześniej przez Vegę. Nie powtórzył jednak ich wyników finansowych.
W swoim ostatnim filmie "Kurier" Pasikowski przedstawił historię Jana Nowaka-Jeziorańskiego, "Kuriera z Warszawy". Niestety, nie spełnił on oczekiwań widzów. Szczególnie krytykowano ostatnie sceny, przedstawiające wybuch powstania warszawskiego jako sukces i pomijające rozmiar wynikającej z niego tragedii.
