Fabuła "Wehikułu czasu" toczy się w czterech różnych światach. Wells wyjaśnia - Pierwszym światem jest Nowy Jork na przełomie XIX i XX wieku. Następnie przenosimy się w bliską przyszłość, w lata 2030 i 2037. W końcu znajdujemy się w odległej przyszłości, gdzie znajdujemy idylliczny świat Eloi i przeciwstawny im, mroczny świat Morloków, który jest czymś w rodzaju piekła Dantego. Każdy z tych światów ma swój własny wygląd. Akcja filmu zaczyna się w Nowym Jorku, w roku 1899, co jest kolejnym odstępstwem od książkowego oryginału, który rozpoczyna się w Londynie. - Nowy Jork na przełomie wieków był nadzwyczajnym miejscem - wyjaśnia Wells. - Rósł w niesamowitym tempie, był prawdziwym kotłem kulturowym, a także miejscem powstawania wielu odkryć i wynalazków. To doskonałe miejsce dla rozpoczęcia takiej opowieści.
Filmowcy zdecydowali się nie korzystać ze studia, zamiast tego filmowano na lokacjach znajdujących się w stanie Nowy Jork, które zachowały jeszcze urok rozrastającego się miasta sprzed 100 lat. Kierownik produkcji, Oliver Scholl, i zespół jego pracowników, uzupełnili wygląd planów elementami przynależnymi do tego okresu, natomiast zespół odpowiedzialny za kostiumy zakupił wiele ubrań z tamtego okresu w sklepach zajmujących się sprzedażą starych ubrań. Wybrane lokacje przywitały filmowców dwoma burzami śnieżnymi. - Byliśmy w środku zimy, po kolana w śniegu - przypomina sobie Wells. - Zamarzaliśmy, ale było warto. Taka pogoda jest niemożliwa do odtworzenia w studiu. Widać to w parującym oddechu aktorów, który nie jest efektem specjalnym. Właśnie w trakcie filmowanie w tym miejscu, filmowcy oddali swoisty hołd dziełu George'a Pala. W krótkiej scenie na planie pojawił się Alan Young, który grał Philby'ego we wcześniejszym filmie. W wersji z tego roku jest on sprzedawcą kwiatów. Z tą rolą związane było także inne wydarzenie. Garderobiany wręczył Youngowi kołnierzyk do jego kostiumu. Wewnątrz kołnierzyka, wyblakłym atramentem było napisane "Alan Young"- jak się okazało, był to ten sam kołnierzyk, który aktor nosił na planie filmu z 1960 roku.
Zewnętrzne ujęcia domu Alexandra zostały nakręcone w Albany, natomiast jego laboratorium i oranżerię stworzono w studiu w Burbank należącym do wytwórni Warner Bros. - W stworzenie laboratorium Alexandra włożyliśmy wiele serca i wysiłku. Miejsce, w którym nasz bohater dokonuje swojego odkrycia, musiało mieć swój charakter. W ten sposób, nie mówiąc ani słowa, mogliśmy powiedzieć widowni wiele o bohaterze całej opowieści - mówi Wells. Dekorator planu, Victor Zolo, ze szczególną przyjemnością nabywał lub odtwarzał antyki, zgodne z duchem czasu i miejsca, a także z charakterem bohatera, o którym Zolfo mówi, że - jest kimś więcej niż człowiekiem renesansu. Interesuje go praktycznie wszystko, co było w tamtych czasach nowe, od teorii ewolucji do najnowszych odkryć fizycznych. Wszystko to wykorzysta w swoich badaniach. Zagadkowe równanie na tablicach ściennych zostały stworzone przez matematyka, by zapewnić mu wiarygodność. Jednymi z najtrudniejszych do uzyskania przedmiotów była olbrzymia liczba antycznych zegarów i zegarków, potrzebnych do zilustrowania obsesji, jaką żywi Aleksander wobec czasu. Ostatecznie udało się zebrać około 100 zegarów o rozmaitych kształtach i wielkości, wśród nich był również i ten, który tak wyraźnie pojawiał się w Wehikule czasu z 1960 roku. Był to kolejny, choć przypadkowy, element wiążący oba filmy.
Simon Wells i Oliver Scholl mogli popuścić wodze wyobraźni, projektując wygląd otoczenia Eloi i Morloków. - Moje doświadczenie w animacji okazało się bardzo pomocne podczas tworzenia projektów świata, który po prostu nie istnieje. Jestem przyzwyczajony do siedzenia nad czystą kartką papieru i tworzenia czegoś od zera - mówi reżyser. - Ja mam doświadczenie w ilustrowaniu, on w animacji. Spędziliśmy całe godziny zarzucając się wzajemnie ilustracjami - mówi Scholl. - Praca z reżyserem, który zna się na projektowaniu i lubi ten etap, to z mojego punktu widzenia prawdziwe błogosławieństwo. Mimo wspólnych narad, pomysły na świat Eloi nie były do końca tym, czego poszukiwali filmowcy. Dopiero szef DreamWorks, Steven Spielberg, pchnął prace do przodu. Scholl przypomina sobie - Steven powiedział coś, że fajnie byłoby, gdyby domy Eloi wznosiły się ku niebu, ku światłu, ku wolności, będąc przeciwieństwem dla Morloków, żyjących w ciemnościach. Wells dodaje - Steven zaproponował, by Eloi próbowali jak najbardziej oddalić się od ziemi, by zamykali się na noc dla bezpieczeństwa w czymś w rodzaju klatek. Oliver odwalił kawał wspaniałej roboty łącząc te pomysły w całość. Poszedł do siebie i wrócił rano z projektem przedstawiającym rzędy gniazd na klifie - rzeczy związanych bardziej z powietrzem, niż z ziemią.
Wioskę Eloi, umieszczoną wysoko nad taflą rzeki, na skalnej ścianie, łączą mostki i chodniki. Wybudowano ją w olbrzymim Studiu 16 firmy Warner Bros., które jest wysokie na około 30 metrów. Skalna ściana, wraz z działającym wodospadem, miała wysokość około 23 metrów. Wybudowano ją ze stalowych belek i pokryto pianką, natomiast chaty i chodniki skonstruowano z metalowych rurek, którym nadano wygląd bambusa. "Sercem" wodospadu był olbrzymi zbiornik wody, którą przepompowywała wysokowydajna pompa. Zarówno filmowcy, jak i aktorzy, mieli początkowo pewne kłopoty z wysokością, na jakiej przyszło im grać. Walter Parkes śmieje się - Kiedy spogląda się na pierwsze ujęcia, widzi się, że aktorzy czasami nerwowo zerkają w dół. Z początku wysokość sprawiała im duży dyskomfort. - To był trudny plan - przyznaje Guy Pearce, który spędził sporo czasu na wysokości około 20 metrów. - Chodziliśmy po platformach szerokich na pół metra, z jednej strony była przepaść. Trzeba było patrzeć pod nogi. Choć po Alexandrze można było oczekiwać, że będzie się czuć nieswojo, spacerując po napowietrznych chodnikach, aktorzy grający Eloi nie mieli tego luksusu. Mówi koordynator kaskaderów, Jeff Imada, - Eloi powinni wyglądać tak, jakby te warunki były dla nich całkowicie normalne, powinni chodzić, wspinać się i wisieć na tej skale bez żadnych obaw. Dopiero dodatkowe barierki i zawieszenie aktorów na linach sprawiło, że poczuli się bezpieczni.
Donald McAlpine miał inne problemy, związane z tym planem. Fabuła wymagała, by klif był oświetlany zarówno jasnym światłem słonecznym, jak i promieniami poranka czy światłem ognisk. Z problemem poradzono sobie montując po obu stronach planu gigantyczne konstrukcje z reflektorami. Na dźwigu zawieszono także sztuczną chmurę, dzięki której można było osiągnąć efekt zmierzchu. Efekt ogni odpędzających nocne demony osiągnięto używając słabych, rozproszonych świateł. Dla Eloi demonami są straszliwi Morlokowie, żyjący pod ziemią w chaotycznym labiryncie korytarzy i jaskiń. Mówi Oliver Scholl - Eloi budują wszystko w zorganizowany sposób z naturalnych materiałów, podczas gdy Morlokowie tworzą bez ładu, bez koncepcji, wykorzystując sztuczne materiały. Próbują podporządkować sobie naturę. W komnacie Nadmorloka znajdują się jeziorka wody, które odbijają światło na sufit, znajdujący się na wysokości dwóch i pół metra. McAlpine mówi - Kręciliśmy z kamerą ustawioną w dół, wykorzystywaliśmy te obszary wody, by odbijały światło, grające na twarzy aktorów. Tworzyło to bardzo interesujący efekt.
