Kinowa adaptacja Upiora w operze dała Andrew Lloyodowi Webberowi okazję, by ponownie przestudiować oryginalne wykonanie musicalu. Pokaźny budżet umożliwił nagranie podkładu muzycznego z pełną orkiestrą. Pojawiła się też możliwość napisania zupełnie nowej piosenki i szeregu ważnych ilustracji, które wzbogaciłyby nastrój filmu. Nie było to nowym doświadczeniem dla Lloyda Webbera, jako że na początku kariery skomponował ścieżki dźwiękowe do kilku filmów, m.in. do Aktów Odessy.
Do pracy przy projekcie Lloyd Webber zaprosił stałych współpracowników, producenta muzycznego Nigela Wrighta, z którym wcześniej przygotował soundtrack do Evity i muzycznego koordynatora Simona Lee. Ten ostatni już w lutym 2003 roku, na siedem miesięcy przed pierwszymi zdjęciami do filmu, rozpoczął próby z odtwórcami głównych ról, tak aby ich umiejętności wokalne spełniały wysokie standardy, narzucane przez Lloyda Webbera. Lee docenia wagę swojej pracy na każdym etapie produkcji, szczególną dumą napawa go przemiana Butlera. „Gerald nie miał wykształcenia muzycznego, ale śpiewał wcześniej w zespole. W ostatnim roku naszej współpracy okazał się prawdziwym odkryciem i jestem niezwykle dumny z jego osiągnięć”.
Do najważniejszych fragmentów musicalu i jego filmowej adaptacji należą „Think of Me” - aria, dzięki której Christine z chórzystki staje się pierwszym sopranem, „Angel of Music” – pełen emocji duet Upiora i jego młodej wybranki, „The Phantom of the Opera” – wokalny popis Upiora, którym zwabia Christine do swojej jaskini, leżącej w podziemiach teatru, „All I Ask of You” - romantyczna serenada, śpiewana przez Christine i Raoula, „Masquarade” – spektakularny występ całego zespołu, który wywołuje przerażający gniew Upiora oraz „The Point of No Return” – przyprawiający o dreszcze ognisty duet Upiora i Christine, wykonywany w trakcie premiery Don Juana Triumfującego.
Upiora kręcono przy zastosowaniu ścieżek z playbackiem, na ogół zawierających nagrania 28-osobowej orkiestry, szczególnie emocjonalne sceny ilustrowane są jednak nagraniami pełnego składu symfonicznego. Po zakończeniu przez Joela Schumachera prac nad pierwszą wersją filmu, Lloyd Webber przystąpił wraz ze swoimi współpracownikami do przearanżowania i ponownej rejestracji podkładu muzycznego. Kompozytor zauważył też potrzebę dopisania dalszych piętnastu minut ilustracji do scen ukazujących trudne dzieciństwo Upiora, podróż Christine na grób ojca oraz powrót Raoula na dziwnie znajomy cmentarz. W trakcie oglądania napisów końcowych możemy usłyszeć też nową piosenkę - „Learn To Be Lonely”, skomponowaną przez Lloyda Webbera do słów Charlesa Harta, a wykonywaną przez Minnie Driver.
Ostateczna wersja ścieżki dźwiękowej została nagrana w Londynie przez dobraną osobiście przez autora orkiestrę, z muzykami, którzy pracowali już przy rejestracji albumów i podkładów do spektakli Andrew Lloyda Webbera. Lee był dyrygentem w trakcie tych nagrań w słynnym studiu Abby Road. „Rezultatem naszej pracy jest naprawdę wspaniały dźwięk, dokładnie taki, jaki wymarzył sobie Andrew”, zapewnia Lee.
