Podobnie jak w musicalu, na którym oparto scenariusz, akcja Upiora w operze rozgrywa się w Paryżu, w latach siedemdziesiątych XIX-ego wieku, w czasach wielkiego przepychu i rozpalonych namiętności. Joel Schumacher określa ten okres jako „złoty wiek niewinności”, poprzedzający szturm wojsk pruskich na bramy Paryża i rozpoczęcie wojny francusko-pruskiej. Tło akcji, genialnie wykreowane przez nieżyjącą już Marię Bjornsson na potrzeby przedstawienia, musiało nabrać bardziej realnego kształtu i wielowymiarowości w filmowej adaptacji. Zadanie to powierzono scenografowi Anthony’emu Prattowi, nominowanemu do Oscara za pracę nad Nadzieją i chwałą (1987) oraz do nagrody Emmy za serial HBO Kompania braci.
Zainspirowany kunsztem Bjornsson, Pratt przestudiował również obrazy najważniejszych malarzy tej epoki – Johna Singere Sergeanta, Caillebotte’a i Degas oraz zwiedził Operę Paryską. Za cel postawił sobie zaprojektowanie dekoracji akcentujących gotycki charakter romansu, wokół którego zbudowany został scenariusz. Zbudowanie dekoracji w Pinewood Studios zajęło 40 tygodni i pochłonęło 73 tony stali, 15.000 litrów farby, ponad 150 kilometrów drewna i 80 kilometrów rusztowań.
Najtrudniejszym projektem było odtworzenie Paryskiej Opery, największego tego typu budynku na świecie, noszącego również imię swojego architekta Charles’a Garnier. Schumacherowi zależało jednak na wprowadzeniu kilku zmian w projekcie, oryginalny budynek miał dla niego „zbyt biurokratyczną aurę”. „Chciałem, aby Opéra Populaire bardziej przypominała ponętną aktorkę, wnosiła więcej intymności niż zwykły budynek.” Zbudowano teatr mieszczący 886 miejsc, ustawionych na dwóch poziomach. Wokół lóż i sceny ustawiono pozłacane rzeźby, a udekorowanie wnętrz czerwonymi, aksamitnymi zasłonami uwydatniło imponujący łuk proscenium. Pratt starał się także przemycić w projekcie elementy wzbudzające grozę, tak aby widownia wyczuwała nadchodzącą katastrofę.
Ważnym fragmentem widowni jest kluczowy dla samej fabuły żyrandol, wieńczący kopułę teatru. W kulminacyjnym momencie Upiór w gniewie spuszcza go na głowy widzów, wywołując pożar opery. Stworzono aż trzy wersje tej dekoracji, w tym jedną specjalnie do sceny rozbicia oraz kolejną, dostosowaną do użycia elektryczności w partiach filmu rozgrywających się w 1919 roku. W odróżnieniu od żyrandola wiszącego w Operze Garnier, przy ich budowie nie stosowano w ogóle metalu i ograniczono ilość ozdób. Podstawowa wersja żyrandola ma ponad 5 metrów długości, 4 szerokości, waży 2,2 tony, a jej wartość szacuje się na 1,3 miliona funtów. Całość zdobi 20.000 kryształowych wisiorków, wykonanych według wzoru Svarowskiego. Ze względu na precyzję kroju i niepowtarzalne efekty optyczne, ozdoby te rozświetlają od wielu lat wnętrza nowojorskiej Metropolitan Opera i paryskiego Wersalu.
Dla powiększenia i tak imponującego foyer teatru, w którym odbywa się w filmie Bal Maskowy, zaprojektowano kręte schody, ozdobne balkony, marmurowe posadzki i umieszczono wewnątrz rzeźby o prowokującym wyglądzie. Schumacherowi zależało również na uwydatnieniu tętniących życiem kulis, labiryntu warsztatów i przymierzalni. Odtworzono je w leżącym nieopodal studia tunelu, co pozwoliło operatorowi , Johnowi Mathiesonowi (Gladiator) na płynne przemieszczanie kamery między główną sceną, widownią i kulisami. Schumachera, kiedyś także projektanta dekoracji, wyraźnie zainspirowała artystyczna cyganeria, która pracowała na prestiż Paryskiej Opery. „To była fascynująca grupa ludzi, którzy przybyli z całego świata, aby stać się częścią historii tego miejsca. Chciałem włączyć ich małe dramaty w opowieść o trojgu głównych bohaterów.”
Scena oświadczyn Raoula na dachu opery miała wprowadzać złowieszczą atmosferę, poproszono więc 14 rzeźbiarzy o przygotowanie niepokojąco uformowanych figur, na wzór prac Rodina, które zdobią też foyer i scenerię cmentarza. Sekwencja podróży Christine do groty Upiora wymagała od Pratta stopniowania efektów grozy, od zastosowania światła pochodni, poprzez ozdobienie ścian chimerami aż po wynurzanie z podziemnego jeziora świec w chwili, gdy Chistine przybywa wreszcie do siedziby Upiora.
Pratt był również odpowiedzialny za zróżnicowanie dekoracji do trzech oper, granych przez zespół teatru. Intensywne złoto i czerwień Hannibala podkreślają zuchwałą fabułę, a subtelność barw Il Muto świadczy o jej komediowym charakterze. W finałowym Don Juanie Triumfującym! dominuje metaforyka ognia i spirali, co symbolizuje pułapkę, jaką Upiór zastawia na Christine.
Ostatnim zadaniem Anthony’ego Pratta było rozebranie, a wręcz uszkodzenie dekoracji do scen rozgrywających się w 1919 roku, po zniszczeniu teatru. „Wyszczerbiliśmy rzeźby, postrzępiliśmy zasłony i przysypaliśmy całość kurzem. Najbardziej podobał mi się pomysł pokazania ptaków, wlatujących przez dziury w dachu”, wyznaje Pratt. Sceny te nakręcono na czarno-białej taśmie, tak aby stanowiły kontrast dla wyglądu opery w czasach jej świetności.
