Pierwsza i druga ekipa filmowa zakończyły prace na Malcie i wyruszyły do Meksyku, gdzie czekała ich realizacja potencjalnie najtrudniejszych i najbardziej wymagających scen całego filmu. Praca na nowym planie, w Los Cabos, leżącym na najbardziej wysuniętym na południe fragmencie półwyspu Baja, w odległości 1100 mil od granicy z USA, rozpoczęła się 11 lipca.
Wiele osób pracujących na planie filmu wynajęto w Meksyku, zarówno z samego miasta Meksyk, jak i z dalszych okolic. Po przybyciu na miejsce liczącej ponad 350 osób zasadniczej części ekipy, wciąż należało wykonać olbrzymią pracę, by przygotować teren do kręcenia zdjęć.
Wiele z koniecznych prac wykonano jeszcze przed przybyciem aktorów i filmowców, ekipy pracowały na powierzchni ponad 2800 akrów. Wynajęto 230 robotników, większość pochodziła z miasta Meksyk, którzy zajęli się budową greckich okrętów, wspaniałej świątyni Apolla i imponujących murów miasta.
Jednym z najpoważniejszych problemów, jakie musiano rozwikłać, było oczyszczenie terenu pod mur. Plażę wybraną na miejsce realizacji poszczególnych scen otaczały tysiące akrów stepu, porośniętego kaktusami. Przygotowując miejsce, na którym miano stoczyć bitwę, oczyszczono około mili kwadratowej terenu.
Zanim wydano pozwolenie na rozpoczęcie prac, konieczne było wykonanie badań terenu, w rezultacie pozwolenie obwarowano licznymi warunkami, jednym z nich była konieczność zachowania przedstawicieli pewnego gatunku kaktusa. Ekipa produkcyjna musiała zorganizować grupę botaników, która przeliczyła, zaklasyfikowała i oznaczyła każdy kaktus na wybranym terenie. 4000 kaktusów musiano ręcznie wykopać i przenieść do szkółki, gdzie opiekowano się nimi do czasu ponownego przesadzenia na pierwotnie zajmowane miejsce, co nastąpiło po zakończeniu zdjęć.
Podobnych starań dokładano w przypadku zwierząt występujących w pasie nadmorskim. Całe wybrzeże Meksyku to obszar lęgowy żółwi, konieczne więc było wprowadzenie w życie specjalnego programu ochrony tych gadów. Wynajęto dwóch specjalistów, którzy przez pół roku, siedem dni w tygodniu, dwadzieścia cztery godziny na dobę, patrolowali plażę w poszukiwaniu miejsc lęgowych żółwi. Z wykrytych gniazd wybierano jaja, które przenoszono go ogrodzonego „inkubatora”. 45 dni później z jaj wykluwały się żółwie, które wypuszczano na brzegu morza.
Po zabezpieczeniu terenu 80 robotników, którymi kierował Tony Graysmark, rozpoczęło budowę zewnętrznego muru i bram Troi. Trwało to cztery miesiące, podczas budowy zużyto około 200 ton cementu. Wybudowano stusiedemdziesięciometrowy odcinek obwarowań, o przeciętnej wysokości 12 metrów, choć w pobliżu bramy wysokość muru sięgała 20 metrów. W procesie postprodukcji mur przetworzono cyfrowo, wydłużając go w obu kierunkach o całe mile.
O prawdziwym pechu można powiedzieć, gdy filmowcy przekonali się, że wybudowany dla nich mur wcale nie jest niezniszczalny. Pierwsza ekipa zdjęciowa opuściła już Meksyk, druga miała przed sobą jeszcze dwa tygodnie zdjęć, kiedy w niedzielę 21 września, o drugiej nad ranem, wybrzeże półwyspu Baja nawiedził huragan Marty. Wszystkie plany zostały poważnie uszkodzone – mury miasta zawaliły się na dwóch trzecich długości.
Druga ekipa pod kierownictwem Simona Crane’a zdołała jeszcze przez tydzień kręcić ujęcia na plaży – pomimo braku połowy greckiej floty i zniszczenia części świątyni Apolla. Sama odbudowa muru trwała jednak kolejny miesiąc. Ostatnie ujęcia nakręcił Petersen z częścią drugiej ekipy i Cranem w końcu grudnia minionego roku.
- Podczas pracy nad tym filmem czułam się trochę tak, jakbym sama w nim występowała – mówi producentka Diana Rathbun. – Czasami każdy musiał dawać z siebie dosłownie wszystko, sama logistyka całego przedsięwzięcia była bardzo poważnym wyzwaniem. Nigdy jednak nie pracowałam nad innym filmem, podczas realizacji którego widziałabym tyle pasji i zaangażowania.
