Zgodne z wyobrażeniami Bayony przeniesienie Sierocińca na ekran pociągnęło za sobą podwojenie pierwotnego budżetu oraz czasu trwania zdjęć. Potem na scenie pojawił się Guillermo del Toro. "Spotkałem Guillermo 14 lat temu, kiedy przyjechał pokazać film Cronos na Festiwalu Filmów Fantasy w Sitges. Kiedy tylko dowiedział się o naszym projekcie, zaoferował, że będzie współproducentem filmu. Po tym wszystko stało się o wiele prostsze", opowiada Bayona. Wsparcie ze strony It's Alive! New Talent Lab, spółki producenckiej Rodar & Rodar dało reżyserowi swobodę pozwalającą pracować z jego stałym zespołem, z którym wcześniej robił reklamówki i wideoklipy.
Zdjęcia rozpoczęły się 15 maja 2006 roku w Llanes, w regionie Asturii. Ekipa wybrała tę lokalizację ze względu na ogromną różnorodność naturalnych planów: tajemniczych grot, wyniosłych klifów, rozległych przestrzeni dziewiczych plaż, lasów, gór, urzekło ich nawet centrum wioski, w której musieli symulować wielką burzę śnieżną w środku sierpnia. W Llanes ekipa produkcyjna znalazła też najważniejszą lokalizację: Partarri'u Mansion, dom, który posłużył w filmie za stary sierociniec.
"Nie szukałem ogromnego budynku, pełnego niekończących się korytarzy, takiego jak w Lśnieniu", stwierdza Bayona. "Chciałem czegoś mniejszego, nie przytłaczającego swym ogromem, ale jednocześnie wystarczająco obszernego, by uczynić tę historię wiarygodną. Partarri'u Mansion posiadało wszystkie te cechy. Był to wielki dom kolonialny, pochodzący z końca XIX wieku, stwarzający naprawdę tajemniczą atmosferę. Jego wymiary wprowadzają w błąd na pierwszy rzut oka: fakt, że każda z jego fasad jest inna, robi wrażenie, że dom nieustannie się zmienia."
Jednakże plany reżysera, pełne skomplikowanych ruchów kamery, wymagałyby całkowitego przebudowania wnętrza domu. Bayona opowiada: "Moje wyobrażenia o tym filmie były zakotwiczone w obrazach ze starych horrorów, takich jak W kleszczach lęku Jacka Claytona, czy Nawiedzonym domu Roberta Wise'a, tak więc musiało to być zrobione w klasyczny sposób: w studiu. Nasze podejście do realizacji było bardzo ambitne. Wszystko musiało być dopracowane co do najdrobniejszego szczegółu i z wielką precyzją, a to można uzyskać tylko w studio."
Aby osiągnąć tę precyzję, cały przebieg zdjęć do filmu był wcześniej zwizualizowany. Tysiące szkiców, scenorysów i konceptualnych scenografii zostało stworzonych, zanim jeszcze zaczęły się zdjęcia. Cały plan został odtworzony w trójwymiarowym programie graficznym, w którym kierownik zdjęć ustalał pozycję kamery, zanim ekipa wyszła na plan. Po czterech tygodniach w Llanes, zespół przeniósł się do Barcelony, gdzie dziesięciotygodniowe kręcenie zdjęć dobiegło końca.
