Nowe postaci wprowadzają nowe możliwości efektów specjalnych. Jednym z takich bohaterów, który debiutuje w filmie jest legendarny czarnoksiężnik Merlin. "Jego pojawienie się w `Shreku Trzecim' oznacza mnóstwo magii," mówi Matt Baer zajmujący się efektami specjalnymi. "W filmach o Shreku zawsze, co prawda była magia, ale każdy z nich musiał mieć swój unikalny wygląd."
W tym przypadku, Baer i jego zespół, kiedy zaczynano pracę nad magicznymi sztuczkami Merlina, musiał rozważyć dwie opcje: "Wpadliśmy na świetnie wyglądającą, szaloną koncepcję, którą zasugerowaliśmy reżyserom, ale ostatecznie zdaliśmy sobie sprawę, że jest zbyt nowoczesna, aby dopasować się do świata Shreka. Dlatego też ostatecznie, sztuczki magiczne wykonywane przez Merlina są raczej w średniowiecznym stylu."
Innym wyzwaniem, które wyszło na jaw w procesie animacji był zaskakujący zwrot akcji w "Shreku Trzecim". Osioł i Kot w Butach wypijają magiczny eliksir i wymieniają się ciałami. Animatorzy musieli udźwignąć także to zadanie. "Wg mnie największym wyzwaniem dla animatorów, którzy byli przyzwyczajeni do animowania Osła w ciele osła i Kota w Butach w ciele kota, było przemieszanie ich osobowości w taki sposób, aby kot zachowywał się jak osioł, a jednocześnie reagował jak kot. To naprawdę spora dawka komedii."
