Jest rok 1614. Japonia, zjednoczona pod rządami Ieyasu – pierwszego Shoguna z rodu Tokugawa, zaczyna cieszyć się pokojem. Dwie odległe, ukryte w górach wsie Nina – Manjidani należąca do rodu Koga i Tsubagakure należąca do rodu Iga – są odwiecznymi wrogami. Od wielu lat jednak wiąże je umowa, wymuszona przez pierwszego Hattori Hanzo, która zabrania im używać sztuk walki przeciwko sobie. Gennosuke z rodu Koga i Oboro z rodu Iga, następcy przywódców wsi, zakochali się w sobie i spotykają się potajemnie. Ale parę czeka tragiczne przeznaczenie. Shogun Ieyasu i jego świta uknuli podstępny plan, by ostatecznie pozbyć się obu rodzin – wsie Manjidani i Tsubagakure mają znów stanąć do walki przeciwko sobie i zostać zgładzone.
Pięciu ninja ze wsi Manjidani należącej do rodu Koga ma walczyć z pięcioma ninja ze wsi Tsubagakure należącej do rodu Iga. Od tego, kto zwycięży zależy, który z synów Ieyasu będzie jego następcą. Dziesięciu najlepszych ninja zostaje wybranych i rozpoczyna się wielka wojna pomiędzy rodami Iga i Koga. W rezultacie, Gennosuke i Oboro spotykają się ponownie, tym razem jednak jako przeciwnicy.
Rozpoczyna się walka o przetrwanie i nieszczęśliwą miłość.
Od wieków całych, wojownicy ciemności,
Niezwykłej mocy i tajemnej sztuki, walką żyli jeno.
Zwano ich „SHINOBI”.Działając w cieniu od samego zarania spisanych dziejów Japonii, ci „Apostołowie Ciemności” zwani ninja fascynowali ludzi i byli bohaterami najróżniejszych środków przekazu – od powieści i komiksów przez filmy i sztuki do animacji i gier. Tematyka ninja, wraz z jej niezwykłymi postaciami, przekroczyła granice Japonii i rozpowszechniła się na całym świecie. Znalazł w niej swoje miejsce również błyskotliwy Futaro Yamada, autor niezwykle zajmujących powieści o wojownikach ninja, przedstawiający swych bohaterów z ich niezwykłego punktu widzenia. Bardzo wielu czytelników dało się uwieść urokowi „świata Futaro”, jego ezoterycznej sztuce i fantastycznym scenom akcji. Na podstawie historii Futaro “Koga Ninpo-Cho” powstał jeden z najbardziej niezwykłych filmów akcji – „Shinobi”.
Brzemienna w skutki bitwa pomiędzy wojownikami ninja rozgrywa się na tle dziewiczych terenów Japonii. Nakręcono ją przy użyciu najnowszej technologii z dziedziny efektów wizualnych. Dzięki temu stało się możliwe przekazanie niezwykłości akcji, oddanie prawdziwej szybkości ruchów, nadludzkich skoków oraz najróżniejszych rodzajów broni i technik walki. Sceny akcji reżyserował Yuji Shimomura (Princess Blade, Versus), który nauczył się swej sztuki od mistrza z Hong Kongu – Donnie Yen’a, współtwórcy filmu Hero. Aby przedstawić akcję w sposób niezwykle realistyczny i oddać porywającą szybkość i siłę, po raz pierwszy zastosowano technologię „Motion Capture” (Przechwytywanie ruchu). Ruchy aktorów są fotografowane za pomocą kilkudziesięciu kamer z wielu różnych ujęć, a następnie zamienione na postać cyfrową i połączone razem, by stworzyć obrazy ruchu i kąty widzenia nieosiągalne za pomocą konwencjonalnej fotografii. Lokalizacje, w których rozgrywa się historia – wspaniały zamek Sunpu należący do Ieyasu oraz święte wsie ninja, Manjidani i Tsubagakure – zostały stworzone w całej swojej krasie przez najlepszych japońskich twórców grafiki komputerowej, którzy pracowali przy takich filmach, jak „Casshern” i „Dragon Head”.
