Zdjęcia do filmu trwały siedem tygodni.
Rodriguez posłużył się nowa dwudziestoczteroklatkową kamerą Sony High - Definition Video. Pełne możliwości tej techniki zaprezentował po raz pierwszy George Lucas kręcąc nowe odsłony "Gwiezdnych wojen". Oprócz obniżenia kosztów produkcji, dla Rodrigueza takie rozwiązanie miało i inny, ważniejszy sens. Bardzo obawiał się on bowiem, by "Pewnego razu w Meksyku" nie utraciło energii, jaka miał "El Mariachi".
"Widziałem zbyt wiele filmów o zbyt dużym budżecie i mało mobilnej ekipie, co powodowało, ze stały się ospale i pozbawione osobistej pasji i stylu. Dlatego właśnie użyłem nowego wynalazku Sony. Dlatego też, a nie z pazerności, wziąłem na siebie tak wiele obowiązków przy tym filmie" - wyjaśniał twórca.
"Nie potrafię, jak wielu innych reżyserów, rozkazywać ludziom, mówić dokładnie, co maja robić. Ja musze im to po prostu pokazać. I dać przykład. Właściwie każda osoba w ekipie miała wiele zadań. Nie było wąskiej specjalizacji. Zawsze słucham wszelkich uwag aktorów i to na każdy temat, dotyczący filmu. Wielu reżyserów nie zdaje sobie sprawy, jak twórczy są ci ludzie, jeśli tylko dać im ku temu okazje" - zapewniał reżyser.
Zdaniem Rodrigueza nowe techniki dają szanse naprawienia szkód, jakie procesowi twórczemu wyrządza dzisiejszy proces produkcji, często bardziej skoncentrowany na chęci sprzedaży "produktu" i jego niekończącej się obróbce, niż na twórczej energii.
Film nakręcono w całości w mieście San Miguel De Allende. Rodriguez wybrał je ze względu na niepowtarzalną kolonialną architekturę oraz jedyne w swoim rodzaju niebo i światło. Twierdził, ze miejskie i podmiejskie pejzaże przypominają mu meksykańskie malarstwo. Śmiał się, ze otoczenie jest tak perfekcyjne, że jako operator miał mało roboty, bo nie musiał uciekać się do żadnych sztuczek - wystarczyło tylko wiernie filmować to, co zobaczył.
Film zawierał wiele niebezpiecznych scen kaskaderskich. W sekwencjach skomplikowanych ewolucji motocyklowych Banderas niemal nie korzystał z pomocy profesjonalistów.
"W tej dziedzinie naprawdę jest bardzo dobry" - twierdził szef kaskaderów Jeff Dashnaw."Gdyby nie był tak zajęty jako aktor, natychmiast zatrudniłbym go w naszym zawodzie" - tak Dashnaw chwalił Banderasa po realizacji sceny pogoni motocyklowej, zakończonej wielką kraksą. "Tak naprawdę to nie ma sposobu, by nakręcić wiarygodnie sekwencje wypadku motocyklowego, bez rozbicia maszyn i narażania ludzi. Komputery nas tu nie zastąpią, wiec zawsze jest ryzyko i Antonio je podjął. "
Jednym z największych wyzwań dla ekipy była realizacja sceny ucieczki El Mariachi i Caroliny z hotelu i skoku przez okno na dach autobusu, który wkrótce potem eksplodował. Władze miasta nie życzyły sobie jakichkolwiek uszkodzeń fasad budynków, wiec architektura została specjalnie zabezpieczona, a cześć miasta skopiowano w formie dekoracji. Eksplozja była ściśle kontrolowana przez komputer i zaprogramowana co do ułamka sekundy. Realizacje tej sceny obserwowała żona Banderasa Melanie Griffith, ich dzieci oraz matka Salmy Hayek. Ta ostatnia ostrzegła podobno Dashnawa, by nie skrzywdził jej dziecka. I nie skrzywdził.
Sporo pracy mieli tez spece od efektów specjalnych. Podobno największe przerażenie ekipy spowodowała scena, w której prawdziwy byk rozrywa brzuch matadora podczas corridy. Wszyscy zdawali sobie sprawę, ze brzuch jest fałszywy, ale efekt był aż za bardzo realistyczny.
