Zdjęcia „Mission: Impossible 2” były realizowane wiosną i latem 1999 w Australii, Utah i Los Angeles. Jednym z najbardziej intrygujących aspektów filmowania był fakt, że Tom Cruise nalegał, by samemu wykonywać większość scen kaskaderskich. Często reżyser patrzył na to z sercem „podchodzącym do gardła”.
„Naprawdę doceniałem fakt, że Tom chciał wykonywać te wszystkie sceny” - mówi Woo. „Ale czasem naprawdę bałem się o niego. Oczywiście była na planie ekipa wspaniałych kaskaderów kierowanych przez Briana Smrz, którym Tom ufał. Ciągle jednak pojawiało się pytanie: ‘A jeśli coś pójdzie nie tak? Jeśli zerwie się lina?’”.
Jednym z ulubionych doświadczeń Cruise’a na planie filmu „M:I-2” (Mission: Impossible 2) była scena wspinaczki kręcona w Moab, Utah. „Byłem na górze z latającymi dookoła F-14 i F-18” - mówi Cruise. „To było fantastyczne. Były takie miejsca na ścianie skalnej gdzie miałem tylko szczeliny na szerokość palca, aby oprzeć stopy”. Woo, z drugiej strony, mówi: „To były dla mnie najgorsze chwile kiedy patrzyłem na Toma wiszącego na skale z helikopterem, który prawie go dotykał”. Woo jednak potrafi zrozumieć co pchnęło gwiazdę do takiego ryzyka. „Tom uwielbia mieć bliski kontakt z widzami” - wyjaśnia. „Dlatego robi wszystko sam. Nie chce, żeby ktoś poczuł się rozczarowany”.
Wagner dodaje: „Zna swoje ograniczenia. Bierze za siebie całkowitą odpowiedzialność i polega na zespole ludzi, z którym pracuje. Jego fizyczna sprawność robi wrażenie. Jest do tego niezwykle skoncentrowany”.
W Australii zdjęcia były realizowane zarówno w Sydney jak i w Broken Hill – mieście w głębi kontynentu. Piękny dom, w którym mieszka postać grana przez Dougraya Scott, jest elementem scenografii zbudowanym w zatoce Sydney, który stał się turystyczną atrakcją. Organizatorzy rejsów promem po zatoce dodali dom z „M:I-2” (Mission: Impossible 2) do listy atrakcji. W związku z tym niektóre zdjęcia były przerywane przez tłumy turystów, którzy chcieli przyjrzeć się akcji.
Sceny były także kręcone w słynnym Royal Randwick Race Track oraz ogrodach botanicznych i jednym z historycznych domów Sydney – Boomerang.
Kilka ekscytujących sekwencji kaskaderskich – między innymi pościg motocyklowy - było realizowanych na Bare Island, niezamieszkanej wyspie w pobliżu Sydney zarządzanej przez Australijski Park Narodowy. W jednej ze scen Hunt (Cruise) i Ambrose (Dougray Scott) jadą na motorach na przeciwko siebie jak średniowieczni rycerze na koniach. Uderzają w siebie i zostają wyrzuceni w powietrze.
Zdjęcia były także realizowane w Broken Hill, mieście na północnym-zachodzie od Sydney. Jest ono otoczone pustynią, kaktusami i ku uciesze amerykańskich aktorów i ekipy można tam spotkać mnóstwo kangurów.
W Stanach Zjednoczonych Cruise i Newton zrealizowali pościg samochodowy w San Gabriel Mountains nieopodal Los Angeles. Krótko po tym jak miejsce to zostało wybrane w górach wybuchł olbrzymi pożar i filmowcy obawiali się, że może zagrozić realizacji zdjęć. Wszystko jednak zostało opanowane.
