Był nominowany do Oscara za film "Miasto Boga". Podczas studiów (z wykształcenia jest architektem), wraz z przyjaciółmi nakręcił swój pierwszy film, który zdobył kilka nagród na festiwalach kina niezależnego. Wraz z nimi założył studio produkcyjne, Olharo Eletronico, które w latach osiemdziesiątych tchnęło nowego ducha w brazylijską telewizję. Wytwórnia ta, przez ponad dekadę produkowała programy, które zyskiwały popularność na antenach wielu stacji telewizyjnych. Po zakończeniu pracy w telewizji Meirelles zajął się produkcją reklam i materiałów promocyjnych. Na przestrzeni 10 lat, jego prywatne studio O2 zostało największym producentem tego rodzaju filmów w Brazylii i zdobyło wiele nagród, w tym 5 Lwów w Cannes, kilka nagród Clio i 9 Branżowych Nagród Roku.
W roku 1997 Meirelles wyreżyserował swój pierwszy pełnometrażowy film "O Menino Maluquinho (Wacky, Wacky Boy)" z Fabrizią Pinto w roli głównej. Meirelles wziął udział w projekcie "Brava Gente Brasileira" (2000) w ramach którego wyreżyserował odcinek "Palace II" (Golden Gate), który został ponownie zmontowany jako film krótkometrażowy "City of God. Palace II" i zdobył nagrodę dla najlepszego filmu krótkometrażowego na festiwalu w Berlinie w 2002 roku.
W 2000 roku wraz z reżyserem Nando Olivalem nakręcił swój drugi film: "Domesticos". W roku 2002 ukończył trzeci film, który powstał na podstawie powieści Paulo Linsa "Miasto Boga". Film, którego współproducentem był Walter Salles zdobył ponad 52 nagrody na całym świecie i 4 nominacje do Nagrody Akademii: dla najlepszego reżysera, za zdjęcia, montaż i scenariusz adaptowany.
Bazując na sukcesie "Miasta Boga" wytwórnia O2 we współpracy z telewizją Globo co roku produkuje 5 odcinków serialu: "City of Men" (Cidade dos Homens).
W 2004 roku nakręcił film " Wierny Ogrodnik" na podstawie powieści John Le Carré
Obecnie Fernando Meirelles pracuje nad filmem "Intolerance" jak również produkuje kilka filmów brazylijskich debiutantów.
