W "Magicznym drzewie" jest - jak już wspominaliśmy - dużo efektów specjalnych, chyba więcej niż w jakimkolwiek innym polskim filmie.
Wielka magiczna zjeżdżalnia, która wychodzi z morza, dom, który odrywa się od fundamentów i leci ponad miastem. Fruwająca dziewczynka i pieniądze, które same wychodzą z portfela. Jest też magiczne krzesło, które potrafi chodzić, latać i walczyć. Niektóre z tych efektów stworzyli animatorzy komputerowi ze studia Lunapark, do innych trzeba było konstruować specjalne urządzenia na planie.
Efektem mechanicznym, który sprawił najwięcej kłopotów, była jazda krzesła na skuterze (bez kierowcy). Ekspert od modeli skonstruował specjalny skuter sterowany na pilota. Pojazdem można było kierować z odległości, jak małym samochodzikiem. Tyle, że to nie był mały samochodzik, ale duży, sportowy skuter, pędzący kilkadziesiąt kilometrów na godzinę. Bez kierowcy! Mieszkańcy Bydgoszczy, gdzie kręcono te ujęcia, patrzyli ze zdumieniem, jak po ulicy pędzi skuter z krzesłem zamiast kierowcy. Wyglądało, jakby prowadził go duch! Skuter miał tylko jedną wadę. Nie lubił nierównych ulic. Wystarczyło kilka dziur a magiczny pojazd zmieniał kierunek i miał ochotę wjechać do sklepu. Przez okno! Wtedy kaskaderzy musieli doścignąć skuter, by powstrzymać katastrofę. Na szczęście najważniejsza scena, kiedy krzesło ucieka na skuterze ze swego więzienia, udała się znakomicie.
Jeszcze inne efekty wymagały udziału pirotechników, to znaczy osób, które zajmują się wybuchami, a także tworzeniem burzy, mgły i innych zjawisk pogodowych. W filmie dwukrotnie z powodu czarów wybucha burza, w tym raz lawina wody leje się ze słonecznego nieba prosto na dzieci. Taki efekt jest trudny przede wszystkim dla aktorów. Trzeba sobie wyobrazić prysznic pomnożony tysiąc razy, z którego w sekundę wylewa się tona wody. Prosto na naszą głowę! A jeśli coś pójdzie nie tak, to trzeba głowę wysuszyć i zacząć wszystko od nowa.
Innym trudnym efektem była scena, kiedy magiczne krzesło gra w piłkę z bohaterami. Twórcom zależało, żeby ten magiczny przedmiot, mimo swej olbrzymiej mocy, był trochę jak sympatyczne, małe zwierzątko. Takie trochę nieporadne a trochę zabawne. Ponieważ nikt nie wie, jak chodzi krzesło, więc trzeba było wymyślać każdy jego ruch. Czasem przedmiot poruszali na planie specjaliści od animacji a czasem magiczne krzesło było w całości tworzone przez grafików studia Lunapark w komputerach w technice 3D. Wielokrotnie było tak, że dzieci rozmawiały albo na przykład grały w piłkę z przedmiotem, którego w czasie filmowania wcale przed nimi nie było. Jego prawdziwa postać powstawała dopiero później, w komputerze i była wstawiana w prawdziwy plener.
