15 czerwca 1998 siedmiuset członków ekipy i aktorów rozpoczęło zdjęcia do "Joanny d'Arc" w ruinach czeskiego miasteczka Bruntal, położonego o 180 kilometrów na południe od Pragi. "Dołożyliśmy wszelkich starań, by ruiny wyglądały na ekranie jak prawdziwe. Leżą one w rezerwacie przyrody, a wokół jak okiem sięgnąć nie ma żadnych zabudowań, autostrad czy linii wysokiego napięcia" - mówi Luc Besson.
Niemal wszystkie sceny nakręcono w porządku chronologicznym: "Rozmawiałem na ten temat z Millą i oboje zgodziliśmy się, że nie sposób byłoby nakręcić sekwencji finałowych, zanim nie nakręcimy scen oblężenia Orleanu" - mówi reżyser
Milla Jovovich dodaje: "W miarę jak postępowały prace nad filmem, coraz lepiej poznawałam Joannę i coraz bardziej ją rozumiałam."
Zdjęcia kręcono także we Francji, w plenerach Ile de France, słynącej z zamków doliny Loary, Normandii, Pikardii, Poitou Charente i Akwitanii, miejscach pamiętających czasy, w których toczy się akcja filmu. Ekipa pracowała w autentycznych zamkach, kościołach i na polach bitew. Jedynie sceny więzienne zrealizowano w atelier.
Ekipie dawała się we znaki przede wszystkim pogoda: "Pracowaliśmy w chorych warunkach" - mówi Milla Jovovich. - "Najpierw przez pięć minut padało, potem na dwadzieścia minut wyjrzało słońce i znowu zaczynało się chmurzyć. Istne wariactwo. Najtrudniej było podczas zdjęć w Paryżu, kiedy lało jak z cebra. O mały włos nie zamarzliśmy."
"Luc kręcił "z ręki", a ze wszystkich stron nacierały na niego miecze" - mówi koordynator pracy kaskaderów Philippe Guegan. - "Gdy trzeba było, wchodził do lodowatej wody i brnął w piachu. Pozwolił, by jeden ze statystów upadł o metr od niego i nie odsunął się ani na krok. Nie cofnął się przed niczym, lekceważąc wszelkie niebezpieczeństwa. Byliśmy dla niego wsparciem, a on zaangażował się w realizację bez reszty. Nigdy dotąd nie spotkałem podobnego reżysera."
Styl wizualny "Joanny d'Arc" podporządkowano zasadzie realizmu. "Joanna żyła naprawdę. Nasz film byłby zupełnie inny, gdybyśmy opowiadali w nim historię zrodzoną w wyobraźni" - mówi Luc Besson. - "Zaczęło się od tego, że pojechaliśmy do Orleanu i dokonaliśmy pomiarów Loary, by nabrać o niej właściwych wyobrażeń, a moi asystenci przemierzali Francję i Europę w poszukiwaniu plenerów."
Ekipa scenograficzna miesiącami studiowała projekty, ryciny i książki. "Przejrzeliśmy wszystkie dostępne źródła i współpracowaliśmy ściśle z muzeum Joanny d'Arc w Orleanie" - mówi scenograf Hugues Tissandier. - "Związany z nim ekspert towarzyszył nam w naszych poszukiwaniach i miał decydujące zdanie we wszystkim."
Większość dekoracji odtworzono z troską o najdrobniejsze szczegóły. "Znaliśmy dokładne wymiary Tourelles (dwie wieże zbudowane na moście łączącym brzegi Loary w Orleanie, gdzie rozegrała się decydująca bitwa), liczbę drabin i zabitych. Odtworzyliśmy dokładnie tę samą fortecę" - mówi Luc Besson. - "Nasza armia składała się z tej samej liczby żołnierzy, bo chcieliśmy uchwycić ducha tamtych czasów. Idąc do ataku wydają oni ten niepowtarzalny, przeciągły krzyk. Masz wrażenie, że jesteś w XV stuleciu." Zaledwie w jednym lub dwóch ujęciach wykorzystano elementy grafiki komputerowej.
Z równą dbałością o dochowanie wierności prawdzie historycznej odtworzono rekwizyty i detale wystroju wnętrz. Ekipa korzystała zarówno z zachowanych przedmiotów z epoki, jak i ich replik, wykonanych przez rzemieślników z najróżniejszych zakątków Francji według opisów sporządzonych przez ekspertów i historyków.
Miecz Milli Jovovich ważył dokładnie tyle, co miecz Joanny, który zajmuje poczesne miejsce w mitologii tamtych czasów. Zamiast przyjąć miecz ofiarowany jej przez króla, Joanna wybłagała, by rozpoczęto poszukiwania starożytnego miecza, który - jak powiedziały jej głosy - zakopano za ołtarzem w kaplicy świętej Katarzyny de Fierbois. Przepowiednia sprawdziła się - miecz odnaleziono dokładnie w miejscu wskazanym przez głosy, które miała słyszeć Joanna.
W czasie zdjęć, które potrwały pół roku, ekipa kostiumologów liczyła od 12 do 100 osób. Wszystkie kostiumy i zbroje wykonano specjalnie dla potrzeb filmu. Tkaniny utkano i ufarbowano według specjalnych zaleceń. Szaty barwili rzemieślnicy, kostiumy statystów farbowano metodami bardziej przemysłowymi, według precyzyjnych wskazówek. Tkaniny szyto z naturalnych materiałów, aby można je było farbować i prać, zdjęcia do sekwencji batalistycznych potrwały bowiem dwa i pół miesiąca.
Wszystkie kostiumy i zbroje poddano specjalnej obróbce tak, by wyglądały na znoszone. Kostiumy odtwórców głównych ról i statystów sprano i przebarwiono pigmentami. Wszystkie projekty oparto na ikonografii epoki.
