Chęć znalezienia źródła nieśmiertelności i mocy Voldemorta i nadzieja na jego zniszczenie sprawiają, że Harry i Dumbledore wyruszają w ryzykowną podróż do odosobnionej jaskini położonej głęboko w zniszczonym przez wiatr klifie. Stuart Craig wspomina: "Kiedy szukaliśmy odpowiedniego miejsca na tę scenę, znaleźliśmy Klify Moher w zachodniej Irlandii i natychmiast uznaliśmy, że doskonale się nadadzą na wejście do jaskini".
Twórcy filmu chcieli, aby wnętrze jaskini wydawało się naprawdę olbrzymie, tak, "żeby nie było wątpliwości, że jest ono naturalne" ? przyznaje Craig. "Poza sceną, kiedy Harry i Dumbledore po raz pierwszy przybywają w to miejsce, i scenerią wyspy, na której wszystko dzieje się wewnątrz jaskini, resztę stworzono wirtualnie, przy pomocy komputera. W ostatnim filmie pracowaliśmy w scenerii całkowicie wirtualnej, a zatem do tego podeszliśmy już z większą pewnością".
Wnętrze jaskini miało wyglądać jak zbudowane z geometrycznych kryształów, więc Craig i jego zespół zaczęli pracę od zdobycia wiedzy o różnych utworach skalnych. Odwiedzili również jaskinie kwarcową i solną, aby przestudiować właściwości powierzchni krystalicznych. "Odtworzenie kryształków soli wymaga sporo pracy badawczej i wielu eksperymentów z żywicami syntetycznymi" ? mówi scenograf. "Wyzwaniem było stworzenie czegoś magicznego i jednocześnie wiarygodnego. Było to wyzwaniem również dla Tima Burke'a, naszego zespołu od efektów wizualnych oraz dla Brunona Delbonnela (reżysera obrazu). Jak rozpalić tę lśniącą kryształami wyspę pośrodku wielkiej, ciemnej próżni? Każdy był w ten proces zaangażowany, to była naprawdę ciekawa współpraca".
Pośród zakamarków jaskini Harry i Dumbledore napotykają straszne niebezpieczeństwa, kiedy Harry, zmuszony przez Dumbledore'a, musi po raz pierwszy przejąć kontrolę. Radcliffe mówi: "Kiedy Dumbledore zabiera Harry'ego na misję, jest to coś w rodzaju inicjacji. Dumbledore wprowadza Harry'ego w szczegóły zadania, które Harry ma ostatecznie wykonać. Jest to początek opowieści o pokonywaniu Voldemorta, a przed tym wyzwaniem Harry nigdy by się nie cofnął".
Niezależnie od wyniku ich misji, w Hogwarcie czekają na nich nowe i jeszcze straszniejsze zagrożenia.
Heyman wspomina: "Jest taki dialog w filmie, kiedy Dumbledore mówi: ?Znowu muszę Cię prosić o zbyt dużo, Harry.? Czy czuje się winny? Tego nie wiem, ale wiem, że Harry dorasta. Wydaje mi się, że to wszystko jest częścią edukacji Harry'ego Pottera. Dumbledore wie, że to w końcu Harry jest tym, który musi stanąć twarzą w twarz z Voldemortem. Dumbledore zapoznaje Harry'ego ze Slughornem i ujawnia młodemu czarodziejowi pewne wydarzenia z przeszłości Voldemorta. Zabiera go w podróż, która ma przygotować Harry'ego na ostateczną bitwę, która nadejdzie już wkrótce".
