Od ćwierć wieku George Lucas słynie jako pionier w zakresie technik efektów specjalnych. Pierwsze "Gwiezdne wojny" przyniosły wiele nowych rozwiązań, które na zawsze zmieniły oblicze techniki filmowej, skróciły i usprawniły prace końcowe, a także wydatnie poprawiły jakość projekcji filmu w kinach. Aby przenieść na ekran "Gwiezdne wojny" Lucas założył specjalizującą się w efektach firmę Industrial Light & Magic (ILM), która wprowadziła do kina techniki komputerowe i zrewolucjonizowała proces twórczy. ILM, które rozpoczynało swą działalność jako czterdziestopięcioosobowa "drużyna komandosów" (jak lubił ich nazywać sam George Lucas), zatrudnia obecnie przeszło tysiąc pracowników, których wysiłki nagrodzono 16 Oscarami za efekty specjalne i 14 nagrodami za osiągnięcia naukowo-techniczne. W ILM powstały efekty specjalne na potrzeby ponad 120 filmów, wśród których były m.in. "Terminator 2 - Ostateczna rozgrywka", "Jurassic Park", "Forrest Gump" i "Twister".
W "Mrocznym widmie" techniki cyfrowe pełniły większą rolę niż w jakimkolwiek wcześniej zrealizowanym filmie. Specjaliści z ILM wykreowali nowe światy, przydali im maksimum realizmu i łączyli obrazy generowane komputerowo z ujęciami z udziałem aktorów. Na potrzeby filmu komputerowo generowano nie tylko tło, ale i liczne dekoracje, pojazdy, a nawet pełnoprawne postacie. W gotowym filmie 95% kadrów, a więc niemal 2.000 ujęć, zawierało elementy grafiki komputerowej - trzy razy więcej niż w jakimkolwiek wcześniejszym, najbardziej nawet zaawansowanym technicznie filmie w historii kina. George Lucas nie ma jednak zamiaru spocząć na laurach: Nadal się uczymy - mówi. - Pokonujemy kolejne stopnie trudności, usprawniamy nasze działania i staramy się myśleć kreatywnie. "Atak klonów" niósł ze sobą tak wielkie wyzwanie, że nad filmem pracowało czterech z szesnastu zatrudnianych przez ILM koordynatorów efektów specjalnych. Każdy z nich odpowiedzialny był za konkretną sekwencję lub określone ujęcie kombinowane, które przewija się przez cały film. Na potrzeby "Ataku klonów" wykreowano także komputerowo skrajnie różne światy, w tym oceaniczną planetę Kamino i kamienistą Geonosis oraz dwie, które znamy z "Mrocznego widma" - "miasto-świat" Coruscant i pokojową, idylliczną planetę Naboo.
Nad sekwencją pogoni, w której Anakin i Obi-Wan ścigają łowcę nagród na Coruscant, pracował John Knoll, odpowiedzialny wcześniej za m.in. scenę zawodów ścigaczy w "Mrocznym widmie". Tłem tej sekwencji są zatłoczone ulice i wysokie na milę budowle, a składa się na nią przeszło 300 ujęć z efektami specjalnymi. Knoll nadzorował także realizację sekwencji pościgu w polu asteroidów, która nasuwa skojarzenia ze słynną sekwencją z "Imperium kontratakuje". Inna przygotowana przez niego scena rozgrywa się na geonosiańskiej arenie, na której bohaterowie zmagają się z trzema nowymi potworami: przypominającym byka reekiem, podobnym do lwa nexu i wyglądającym jak krab acklayem. W sekwencji tytułowego ataku klonów, zapoczątkowującym wojnę, o której wspominano przelotnie w "Nowej nadziei", dwustu Jedi i setki tysięcy sklonowanych szturmowców walczą z dorównującą im liczebnie armią robotów bojowych; olbrzymimi kroczącymi maszynami typu AT-TE (nawiązującymi do maszyn AT-AT z "Imperium kontratakuje") i gigantycznymi robotami strzelniczymi. Za tę scenę - najbardziej skomplikowaną w całym cyklu - odpowiedzialny był Ben Snow. Snow i Dennis Muren, weteran oryginalnych "Gwiezdnych wojen", wspólnie nadzorowali prace nad sekwencją, której akcja rozgrywa się w olbrzymiej fabryce robotów. Od podstaw stworzyli fabrykę, w której oglądać możemy serię połączonych hal maszynowych i niekończące się linie produkcyjne. Za krajobrazy Naboo odpowiedzialny był Pablo Helman z ILM. Jego ekipa wykreowała nieoglądane dotąd widoki, wodospady i wiejski domek, który staje się tłem dla romansu Anakina i Padme.
Komputerowo generowano nie tylko krajobrazy, ale i niektóre z postaci. Reżyser animacji Rob Coleman odpowiedzialny był za stworzenie nowego bohatera, który przypomina postać z czarnego kryminału lat 40-tych. Dexter Jettster - tak go bowiem nazwano - udziela Obi-Wanowi bezcennej informacji, która naprowadza go na trop zamachowców czyhających na życie Padme. Dexter, który wszędzie był i wszystko widział, ma cztery wielkie ramiona i ręce, a nosi brudną koszulę, zatłuszczony fartuch i opadające spodnie. Coleman i jego ekipa powołali także do życia mieszkańców Kamino, wysokie, wiotkie istoty o cienkich szyjach, które kojarzą się z bohaterami klasycznych filmów fantastyczno-naukowych. Nadzorujący powstawanie klonów Kaminończycy stanowią kontrast dla prymitywnych, przypominających owady Geonosian, którzy montują roboty bojowe w podziemnych warsztatach. Coleman odpowiedzialny był również za bohaterów znanych wszystkim fanom "Gwiezdnych wojen", w tym generowanego komputerowo Yodę. Cyfrowy Yoda może się cieszyć dużo większą swobodą ruchów, co było o tyle istotne, że w "Ataku klonów" bierze on udział w dynamicznych scenach akcji. Praca nad generowanym komputerowo Yodą dała nam szczególną satysfakcję - mówi Rob Coleman. Animator przyznaje, że Lucas dał jego ekipie "zielone światło" dopiero wtedy, gdy obejrzał "zdjęcia próbne", które przekonały go, że cyfrowy Yoda sprawdzi się na ekranie.
We wcześniejszych filmach Yodę powołał do życia Frank Oz, który w "Ataku klonów" ponownie użycza głosu swojemu bohaterowi. Rob Coleman dołożył wszelkich starań, by dochować wierności wizerunkowi, który stworzył Oz. Na ekran powracają także inni generowani komputerowo bohaterowie: skąpy handlarz starzyzną Watto, któremu głosu i tym razem użycza Andy Secombe i ulubieniec młodszej części widowni Jar Jar Binks. Niezdarny Gungan, któremu głosu ponownie użycza Ahmed Best, jest dziś szanowanym członkiem Senatu, zachował jednak niektóre ze swoich manieryzmów.
