Godzilla (w którą ponownie wcielił się Tsutomo Kitagawa) powraca, by terroryzować Japonię. Tym jednak razem Japonia jest lepiej przygotowana. W Japońskich Siłach Obrony Narodowej powołano specjalną ekipę do walki z Godzillą pod nazwą G-Graspers. Dysponuje ona dwoma rodzajami broni - jedna z nich to Gryphon, supernowoczesny statek, oraz Dimension Tide, urządzenie, które pozwala tworzyć kosmiczne czarne dziury.
Testy nowej broni są udane, ale okazuje się, że zaistniał nieprzewidziany efekt uboczny - otwierają się drzwi do innego wymiaru. Przez nie wlatuje ogromna ważka, Meganula. Nie zabawi długo wśród ludzi, ale zostawi po sobie pamiątkę - jajo. Znajduje je pewien chłopiec i zabiera ze sobą do Tokio.
Gdy dorośli każą mu się go pozbyć, wyrzuca je do systemu kanalizacyjnego. Z jaja wylegają się Meganurony. Stworzenia te do rozwoju potrzebują wody. W czasie jej poszukiwania niszczą podziemne żyły wodne i zalewają Tokio. Obfitość wody pozwala im na szybki wzrost, rozmnażają się, jest ich coraz więcej i zaczynają się żywić energią, którą wytwarzają ludzie. Po zebraniu wystarczającej ilości energii przeobrażają się w olbrzymie potwory podobne do ważek.
Tymczasem ekipie G-Graspers udaje się zwabić Godzillę na odległą wyspę. Tam ludzie chcą się jej pozbyć poprzez przeniesienie jej w inny wymiar za pomocą urządzenia wytwarzającego czarne dziury.
Godzilla jednak staje się również celem ataku potworów, Meganuronów, którym nie wystarcza energia ludzi. Potrzebują siły Godzilli, by wyżywić larwę królowej, z której wykluwa się potworny, sześćdziesięciometrowy Megaguirus. Rozgrywa się okrutna walka: między Godzillą, Megaguirusem i ludźmi. Czy Godzilla zwycięży? Czy ludzkość przetrwa?
