„Jestem ojcem pięciu synów i historia opowiedziana przez nas w „Gdzie jest Nemo” jest dla mnie całkowicie zrozumiała i poruszająca. Przypomina ona moje własne emocje, które przeżywałem, kiedy któreś z moich dzieci pierwszy raz szło do szkoły” – mówił John Lasseter, producent wykonawczy, wiceprzewodniczący firmy Pixar i reżyser, między innymi obu części „Toy Story”. Tłumaczył, że celem twórców filmu było wzbudzenie wzruszeń doskonale znanych widowni, ale bez popadania w sentymentalizm. Prawda psychologiczna miała precyzyjnie połączyć się z elementami komediowymi. Fantazyjny podwodny świat nie powinien zdominować uwagi widza. Potrzebny był zatem niezwykle precyzyjny scenariusz.
Andrew Stanton jest zdania, że najlepsze teksty powstają na podstawie własnych doświadczeń. Już w 1992 roku, po wizycie w wielkim „rybim zoo” – Marine World, zaczął myśleć o stworzeniu filmu rozgrywającego się w podwodnej scenerii. Ale geneza utworu sięga jeszcze dalej, do dzieciństwa twórcy, kiedy to nadspodziewanie chętnie odwiedzał on dentystę, by obserwować tam ryby w wielkim akwarium. „Myślałem sobie wtedy: one muszą bardzo tęsknić do życia w oceanie. Straciły przecież swój dom. Co by było, gdyby spróbowały uciec i do niego powrócić?”. Jednak najważniejszym impulsem do powstania filmu były przeżycia Stantona związane z ojcostwem. Gdy jego syn miał pięć lat, Stanton bardzo wiele pracował i poświęcał chłopcu zdecydowanie zbyt mało czasu. Gdy wreszcie udało mu się z nim pójść na spacer po parku, zamiast powiedzieć mu o swojej tęsknocie, powstrzymał się, powtarzając sobie w myślach, że lepiej nie poruszać tej sprawy. Potem miał bolesne wrażenie, że zmarnował cenną szansę.
Stanton półżartem przyznaje, że w zespole Pixara od lat uchodzi za czołowego cynika. Dzieje się tak, ponieważ podczas wielu „burz mózgów”, organizowanych w związku z dyskusjami na temat nowych projektów, zwalczał, a nawet wyśmiewał wszelkie, jego zdaniem, łzawe scenariuszowe pomysły. Sam twierdzi, że uczucia są dla niego bardzo ważne, ale właśnie dlatego nie można ich przedstawiać infantylnie i stereotypowo. Widownia, zwłaszcza młoda, natychmiast wyczuje fałsz.
„Najtrudniejszy wybór, jaki stoi przed tobą jako ojcem to to, czy być przede wszystkim ojcem właśnie, czy przyjacielem i kumplem. Musisz wybrać jedno z dwojga” – tak powiedział Stantonowi jego własny ojciec. Właśnie wokół tego dylematu, który trudno ostatecznie rozwiązać, Stanton postanowił zbudować scenariusz filmu. „To po prostu odwieczna historia miłości ojca i syna i ich odwiecznych konfliktów” – wyjaśniał reżyser. Był on też zdania, że morska sceneria to nie tylko oczywiste walory widowiskowe, ale także celna metafora życia pełnego zaskoczeń, niebezpieczeństw i bogactwa doznań.
