Inkwizycja w Europie została utworzona w XIII w. i była instytucją w Kościele katolickim do zwalczania "szalejącej" w owym czasie herezji. Była niezależna od sądów biskupich i władzy świeckiej. Podlegała jedynie papieżowi. W 1231 r. papież Grzegorz IX rozszerzył działalność inkwizycji na wszystkie kraje katolickie i wprowadził oficjalny urząd inkwizytorów, powoływanych głównie z zakonów dominikanów. W okresie późniejszym Inkwizycja stała się wygodnym narzędziem manipulacji zarówno dla władców świeckich jak i dostojników Kościoła, w walce o władzę i eliminowanie politycznych przeciwników. W 1542 r. papież Paweł III zreorganizował Inkwizycję. Powołał Kongregację Kardynalską Świętej Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji, tzw. Święte Oficjum (Sacrum Officium), które składało się z 6 kardynałów i miało nadzorować działalność sądów inkwizycyjnych w walce z reformacją. W większości krajów Inkwizycja przetrwała do XVIII w., a w Portugalii, Hiszpanii i Włoszech nawet do połowy XIX w.
Inkwizycja w Hiszpanii założona przez króla Ferdynanda V i królową Izabellę w 1478r. była niezależna od jakichkolwiek instytucji papieskich i ściśle związana z władzą królewską. Pierwszym zadaniem Inkwizycji hiszpańskiej było demaskowanie Żydów i Maurów, którzy, choć od dawna publicznie nawróceni na chrześcijaństwo (konwertyci), to jednak podejrzewani byli o potajemne kultywowanie starej religii. W 1481 r. Ferdynand i Izabella powierzyli funkcję Wielkiego Inkwizytora swemu doradcy i spowiednikowi, dominikaninowi Tomaszowi de Torquemadzie. Pod jego przewodnictwem Święta Inkwizycja stała się instytucją usankcjonowanego terroru. Duchowni członkowie Oficjum mieli do pomocy cywilnych "urzędników" zwanych Familiares, których funkcja cieszyła się ogromnym prestiżem.
Narzędziem działania Inkwizycji były przesłuchania i tortury stosowane wobec oskarżonych o herezję, w celu uzyskania przyznania do winy i skruchy. Kary wahały się od publicznej hańby w stroju sambenito - koszuli zrobionej z workowatej tkaniny, aż po spalenie na stosie (żywcem lub po śmierci) i śmierć przez uduszenie. Wyroki były wykonywanie publicznie na ceremoniach zwanych auto-de-fe czyli aktach wiary. Pod koniec XVIII w. Inkwizycja rzucona została na front walki ze zwolennikami wywrotowych idei Rewolucji Francuskiej i liberalnej myśli oświeceniowej. Na początku XIX w. władza hiszpańskiej Inkwizycji zaczęła maleć, a formalnie została zniesiona w 1820 roku.
