Przygotowując Drogę do El Dorado animatorzy wykorzystali mieszankę tradycyjnej i komputerowej animacji. Aby osiągnąć doskonałą symbiozę animatorzy pracowali przez cały czas razem co wg Dona Paula "tworzy wzajemny szacunek i energię, która sprawia, że każdy daje z siebie wszystko." W przeszłości rysunki tła były przygotowywane zanim jeszcze zostały wprowadzone do komputera. Podczas realizacji Drogi go El Dorado artyści związani z metodą tradycyjnej animacji używali specjalnego oprogramowania 2-D, które później było wykorzystywane w procesie zwanym przez Dana Philipsa mieszanką tradycji z obróbką cyfrową. Tak to wyjaśnia, "Przygotowywali wstępne rysunki, skanowali je i obrabiali ostatecznie cyfrowo. Pozwoliło im to nie tylko na szybsze poprawki, ale także wykorzystywanie kawałków jednego tła do stworzenia zupełnie czegoś innego."
Dzięki specjalnemu oprogramowaniu opracowanemu przez DreamWorks i Silicon Graphics, a pierwszy raz użytego w filmie "Książę Egiptu" (The Prince of Egypt) można było wykorzystywać trójwymiarowe ruchy kamery i połączyć je z dwuwymiarowymi obrazami.
W filmie Droga do El Dorado można także obserwować postęp w realizacji trójwymiarowych scen grupowych. Paul wyjaśnia, "Normalnie główna postać na ekranie jest animowana tradycyjnie, a tylko postaci z tła - cyfrowo. W tym filmie na pierwszym planie znajdują się postaci animowane cyfrowo z czego jestem naprawdę dumny. Bardzo dokładnie je wymodelowaliśmy, tak aby były identyczne jak postaci animowane tradycyjnie. Wyrazy twarzy generowanych komputerowo postaci są dużo lepsze niż to było robione w przeszłości". Innym narzędziem, które zostało zaadaptowane dla potrzeb filmu było ER Warp, którego głownie używano w filmach aktorskich. W animacji pozwala artystom na swego rodzaju rozmazywanie obrazu, które stwarza iluzję ruchu bez potrzeby odpowiedniej animacji klatki po klatce. Przykłady użycia ER Warp w filmie Droga do El Dorado to scena przedzierania się Miguela przez dżunglę (ruch liści), łopot żagli statku Cortesa na wietrze.
W świecie animacji woda jest ciągle elementem, który stwarza liczne wyzwania. Jest trudna do animacji gdyż ciągle jest w ruchu - porusza się w różnych kierunkach i z różną szybkością w tym samym czasie. Duże fale, nie są jednak największym wyzwaniem. Najwięcej czasu zajmuje animacja rozpryskującej się wody. W przypadku tego filmu, Doug Ikeler opracował nowy system Spryticle pozwalający na uzyskanie najbardziej szczegółowych ujęć rozpryskującej się wody jakie tylko były możliwe.
Proces Spryticle rozpoczyna się od systemu trójwymiarowego, przedstawiającego drobne punkciki w wirtualnej przestrzeni. Spryticle przekształca następnie każdą punkcik w dwuwymiarową kartę, na której widnieją dane obrazy - w tym przypadku ręcznie rysowane krople rozpryskującej się wody. Używając komputera animator może wykorzystać grawitację czy wiatr aby poruszać tymi obrazami. "Piękno Spryticle polega na tym, że pozwala na tysiąckrotne powielenie ręcznie rysowanych animacji," twierdzi Ikeler. "Nawet kiedy komputer przekształca te obrazy są one wciąż ręcznie rysowane co jest unikalne."
