W świecie równoległym do naszego, gdzie ludzkie dusze przyjmują kształt zwierząt towarzyszących ludziom, pewna dziewczynka staje pomiędzy końcem wolnej woli a początkiem nowej ery.
Lyra Belacqua (Dakota Blue Richards) ma zaledwie 12 lat, ale nawet w tym wieku wie już, że postępując zgodnie z tym, co uważa się za słuszne, można osiągnąć coś zupełnie odmiennego, niż gdy robi się to, co nakazują inni. Lyra, niepokorna sierota, której domem jest Kolegium Jordana w Oksfordzie, żyje w świecie będącym jednym z wielu równoległych światów - niewidzialnych, nienamacalnych wymiarów, w których ludzkość rozwija się nieco odmiennie.
Lyra nigdy nie jest samotna w swoim świecie - wszędzie towarzyszy jej dajmon, małe, przybierające wciąż inne kształty zwierzątko, o imieniu Pantalaimon. W innych światach dusza przebywa we wnętrzu ciała człowieka, niema i niewidzialna. W jej świecie dajmon to towarzysz na całe życie.
Jednak w świecie Lyry zachodzą zmiany. Wszechobecna władza, znana jako Magistratura, zacieśnia swoje pęta na mieszkańcach. Jej mroczne poczynania doprowadziły do dokonywanych przez tajemniczych Grobali licznych porwań dzieci. Jak powiadają pływający łodziami Cyganie, którzy sami stracili niejedno dziecko na skutek porwań, porywacze zabierają dzieci do Stacji Doświadczalnej na północy, gdzie poddaje się je przerażającym eksperymentom.
Kiedy znika przyjaciel Lyry, Roger (Ben Walker), dziewczynka przysięga, że wyruszy na koniec świata, aby go uwolnić.
Wuj Lyry, Lord Asriel (Daniel Craig), niepokorny, mrukliwy podróżnik, wtedy właśnie wybiera się w to samo miejsce, zamierzając poznać moc tajemniczego zjawiska zwanego Pyłem, które, jak uważa, pochodzi z miejsca, gdzie zorza północna mieni się nad mroźnym kołem podbiegunowym.
Desperacko próbująca do niego dołączyć Lyra spotyka się z odmową, ale dostaje drugą szansę, kiedy kolegium odwiedza pracowniczka naukowa z Londynu - pani Coulter (Nicole Kidman). Pani Coulter, czarująca badaczka i podróżniczka, zabiera Lyrę z Kolegium Jordana, obiecując jej ekscytujące przygody w Londynie i nie tylko tam.
Przed odjazdem Lyra otrzymuje zagadkowy, starodawny przyrząd zwany aletheiometrem, który, jak wieść niesie, będzie mówił swojej właścicielce prawdę, pod warunkiem że dziewczynka odkryje, jak go używać.
W świecie Lyry istnieje mit o dziecku, którego przeznaczeniem jest położyć kres przeznaczeniu - o dziecku, które potrafi samodzielnie napisać historię swojego życia i które odegra kluczową rolę w nadchodzącej wojnie. Czy tym dzieckiem może być Lyra, próbująca ocalić swojego przyjaciela, Rogera?
Wchodząc w zaskakujący sojusz z żeglarskim plemieniem Cyganów, tajemniczą czarownicą, wielkim pancernym niedźwiedziem i teksańskim aeronautą, Lyra zaczyna przygodę, która zabierze ją w podróż po niebie, oceanie i dzikich ostępach lodowatej północy oraz doprowadzi ją do tajemnic kryjących się na dnie ludzkiej duszy.
Zbliża się wielka wojna, która zagraża nie tylko jej światu, ale także wszystkim równoległym światom leżącym za zorzą północną - i Lyra będzie potrzebowała wszystkich swoich umiejętności i całej odwagi, żeby ją powstrzymać.
