„Zbrodnia Ojca Amaro”, w co trudno uwierzyć biorąc pod uwagę aktualność filmu, oparta jest na skandalizującej noweli dziewiętnastowiecznego portugalskiego pisarza Eca de Quieros.
Film jest portretem młodego księdza (Gael Garcia Bernal), który dostawszy polecenie od samego biskupa, jedzie do stolicy górskiej prowincji Los Reyes, aby tam poprowadzić parafię wraz z zadomowionym już ojcem Benito (Sancho Garcia). Amaro, niewinny idealista, z przerażeniem stwierdza, że jego starszy kolega nadużywa swoich kompetencji i jest wplątany w szereg ciemnych sprawek. Ma romans z właścicielką miejscowego baru – bogobojną Sanjuanerą (Angelica Aragon), utrzymuje również przyjacielskie stosunki z narkotykową mafią, która hojnie wspiera jego inicjatywy. Równocześnie popada w konflikt z innym księdzem, ojcem Natalio, prowadzącym górską osadę katolicką i podejrzanym o ukrywanie guerillas walczących z mafiosami.
Młody Amaro stara się nie mieszać w porachunki Benita i skupić się na opiece nad parafianami. Zaprzyjaźnia się z piękną i pobożną córką Sanjuanery – szesnastoletnią Amelią (Ana Claudia Talancon). Jednak wkrótce czuje, że z młodą katechetką wiąże go coś więcej niż tylko oddanie Bogu. Amaro nawiązuje z Amelią znajomość, która nie licuje z rzymskokatolickim celibatem. Odtrącony narzeczony dziewczyny - Ruben, który jest początkującym dziennikarzem, w ramach zemsty publikuje materiał obnażający ciemne interesy lokalnego kościoła. Amaro, wezwany w tej sprawie przez biskupa, zmuszony jest napisać fałszywe sprostowanie artykułu. W dodatku Amelia wyznaje swojemu narzeczonemu, że spodziewa się jego dziecka.
