Praga, rok 1938. Na dworzec zajeżdża międzynarodowy pociąg, z którego wysiada skrzypek-wirtuoz Sam Silberstein (Jiři Bartoąka). Wraca z gorąco oklaskiwanych koncertów w Londynie. Na peronie żegna się z poznanym w pociągu młodym Anglikiem, Nicholasem Wintonem (Rupert Graves), wita zaś ze swoim bratem - lekarzem-internistą Jakubem Silbersteinem (Josef Abrhám) i jego synem, a swoim bratankiem, małym Dawidem. Cała trójka jedzie do niewielkiego miasta, w którym w pięknej willi mieszkają Silbersteinowie. Na miejscu okazuje się, że jej właściciel, pan Stein (Jiři Menzel), zostawia ją swoim lokatorom, a sam udaje się w interesach (a może wiedziony przeczuciem?) do Ameryki.
Silbersteinowie są uradowani. Aparatem Leica (prezent dla Dawida od wujka Sama) robią sobie rodzinną fotografię. Obok Jakuba, Sama i Dawida widnieją na niej m.in.: jeszcze jeden brat Jakuba - Leo (Krzysztof Kolberger), żona Jakuba a mama Dawida, siostra Jakuba - Hedwika i jego rówieśniczka, a zarazem najlepsza przyjaciółka - Sosza.
Życie rodziny płynie szczęśliwie. Dom rozbrzmiewa muzyką, zwłaszcza kiedy mama, niedoszła artystka operowa, śpiewa, Leo zasiada przy pianinie, a Dawid ćwiczy grę na skrzypcach, do czego zresztą nie ma serca. Woli zabawiać się z Soszą wyjadaniem konfitur i ćwiczyć pod okiem ojca tężyznę fizyczną. Chłopiec marzy o długich spodniach, oznace dorosłości. Otrzyma je w nagrodę, jeśli w którymś z codziennych biegów przełajowych wyprzedzi Jakuba i pierwszy dobiegnie do mety. Na razie wszystkie próby przegrywa, ale Jakub pociesza go, że taki prezent wart jest wysiłków.
Swoje radosne dni przeżywa również Hedwika. W kabinie projekcyjnej miejscowego kina kocha się ze swoim chłopcem, na razie kinooperatorem, w przyszłości - lekarzem. To właśnie z ekranu popłyną pierwsze ostrzeżenia. Kroniki filmowe ukażą anschluss Austrii, a później wkroczenie - na mocy układu z Monachium - armii niemieckiej na przygraniczne tereny Czechosłowacji. Ludność niemiecka owacyjnie wita hitlerowców, ludność czeska opuszcza swoje domostwa i udaje się na poniewierkę. Ukochany Hedwiki początkowo ogląda te dokumentalne zdjęcia z zawodową obojętnością, ale z czasem na jego twarzy w okienku projekcyjnym pojawi się wyraz zrozumiałego, ludzkiego przerażenia. Zaproponuje Hedwice wspólną ucieczkę do Palestyny. Jej rodzice nie przystają na takie rozwiązanie. Oponuje zwłaszcza Jakub, który uważa, że rodzina powinna trzymać się razem. Stwierdza kategorycznie, że Hedwika ma zostać w domu, a jej chłopiec niech robi co chce. Ten ostatni jednak nie ma wyboru - musi zrezygnować ze swoich planów: Hedvika wyznaje mu, że zaszła w ciążę...
Jakub w ogóle jest niepoprawnym optymistą. Swojej pacjentce obawiającej się pogromów Żydów tłumaczy, że w XX wieku takie rzeczy się nie zdarzają, a ponadto Czechosłowacja to nie to samo, co nazistowskie Niemcy. Tymczasem właśnie przed pogromami uciekł - i schronił się u Silbersteinów - jeszcze jeden brat Jakuba, zawsze wesoły artysta cyrkowy i miłośnik zwierząt, Max.
Skrzypek Sam Silberstein zakochuje się z wzajemnością w znacznie młodszej od siebie Alenie, która nie jest Żydówką (Agnieszka Wagner). Chcąc się z nią żenić, przełamuje opór swoich sędziwych rodziców i ortodoksyjnego Leo.
Pogarsza się sytuacja finansowa Silbersteinów. Jakub oznajmia domowemu ogrodnikowi, panu Spitzerowi, że nie będzie mógł podwyższyć mu pensji. Ogrodnik odpowiada, że mimo to pozostanie na służbie. Ucieszony Jakub proponuje Spitzerowi, który jest Niemcem, udzielanie Dawidowi i Soszy lekcji niemieckiego. Propozycja zostaje przyjęta. Na jednej z tych lekcji dzieci proszą swego nauczyciela, żeby nauczył ich jakiejś nowej niemieckiej piosenki, bo te stare, dziecinne, już im się znudziły. Spitzer nastawia wówczas płytę z najnowszym przebojem - Marszem S.A. Maszeruje do taktu, a Sosza i Dawid śmieją się, bo nie rozumieją słów. Potem, na jednym ze spotkań rodzinnych, śpiewają tę pieśń i też maszerują w jej rytm. Wybucha konsternacja. Jakub zabrania Spitzerowi kontynuować lekcje niemieckiego.
Inną duszną rozmowę odbywa Sam z ojcem Aleny, który uważa, że nie może zgodzić się na małżeństwo córki z Żydem, gdyż w tych czasach nie ma ono przed sobą przyszłości. Alena jest posłuszna woli ojca - zrywa zaręczyny.
Niemcy wkraczają do Pragi. Wprowadzone przez nich ustawy zabraniają Samowi koncertować i poważnie ograniczają praktykę medyczną Jakuba.
Sam uzyskuje informację, że rozpytuje o niego Anglik, którego w drodze do Pragi poznał w pociągu. To Nicholas Winton który organizuje wyjazdy dzieci czeskich Żydów do Wielkiej Brytanii. Dzieci trafią do angielskich rodzin, które zaadoptują je na podstawie wcześniej wysłanych fotografii. Sam daje się przekonać do zagrania na koncercie charytatywnym, z którego dochód przeznaczony jest na sfinansowanie podróży malców. Jednakże Silbersteinowie nie spieszą się z decyzją odnośnie Dawida. O jego los na obczyźnie, u nieznanych ludzi, niepokoi się zwłaszcza matka.
Sosza i Dawid bawią się we własny ślub, ale ceremonię przysięgi małżeńskiej traktują najzupełniej poważnie.
Tymczasem w domu Silbersteinów, jak i w całym kraju, sytuacja staje się coraz gorsza. Ogrodnik Spitzer jawnie współpracuje z nazistami w ograbianiu swych państwa z dóbr i kosztowności. Sam Silberstein zostaje oszukany przez znajomego, który miał mu ułatwić ucieczkę za granicę. Żeby uzbierać na nią odpowiednią kwotę, sprzedał nawet swoje skrzypce, bo i tak Niemcy odbierali instrumenty żydowskim muzykom.
Sam po raz ostatni telefonuje do Jakuba. Mówi mu, że wszystko skończone i niech ratuje chociaż Dawida.
Jakub i Dawid po raz ostatni ścigają się - i Dawid nareszcie wygrywa z ojcem. Otrzymuje od niego upragnione długie spodnie, w których... wyjedzie do Anglii.
Znów praski dworzec. Jest sierpień 1939 roku. Na peronie kłębi się tłum dzieci i rodziców. Tu Dawida spotka wielkie rozczarowanie. Okazuje się, że Sosza, która miała jechać razem z nim, musi wskutek jakiejś pomyłki administracyjnej zaczekać pół roku na następny transport. Nie doczeka się - wcześniej wybuchnie wojna. Sosza jej nie przeżyje, podobnie jak cała rodzina Silbersteinów z wyjątkiem Dawida, którego uratował Nicholas Winton. Rodzice chłopca umierali ze świadomością, że ich syn ocalał. W godzinie śmierci było to dla nich jedynym, ale jakże wspaniałym, pocieszeniem.
