Oprawę muzyczną do "Wielkiego powrotu" skomponował Joel McNeely. Przed przystąpieniem do pracy obejrzał on wstępną wersję montażową filmu w towarzystwie reżysera i producentów, z którymi przedyskutował następnie rolę, jaką pełnić w nim będzie muzyka. Joel McNeely pracował po dwanaście godzin na dobę przez siedem dni w tygodniu i dwa miesiące później przedstawił partyturę, którą nagrano następnie z towarzyszeniem dziewięćdziesięcioosobowej orkiestry w Abbey Road Studios w Londynie. Reżyser Robin Budd mówi: Joel skomponował bardzo oryginalną muzykę nie gubiąc przy tym ducha oryginału. Znakomicie uchwycił emocje targające filmową Jane.
McNeely napisał motywy przewodnie dla każdego z bohaterów zachowując i wzbogacając te, które powstały z myślą o pierwszym filmie. Sharon Morrill mówi: Joel w lot pojął istotę naszego filmu. Przykładem mogą być dwa tematy, które skomponował: temat domu i temat lotu. Temat domowy jest pełen ciepła, a temat lotu emanuje prawdziwą magią i rozpala wyobraźnię. Joel przydał filmowi rozmachu, a zarazem podkreślił jego kameralny, niemal intymny charakter. Joel McNeely przyznaje, że w tematach, które towarzyszą scenom akcji, świadomie nawiązał do oryginalnych, "pirackich" kompozycji Ericha Wolfganga Korngolda. Jak mówi: Wszystko sprowadza się do biegłości i stylu orkiestracji. Muzykę filmową pisali wtedy kompozytorzy muzyki poważnej, stąd ich klasyczne, niekiedy "europejskie" brzmienie.
Muzyka do sekwencji "Never Smile at a Crocodile" powstała zanim jeszcze rozpoczęły się prace nad jej animacją. Joel McNeely mówi: Animatorzy pokazali mi scenopis obrazkowy i powiedzieli, co chcą osiągnąć pytając, czy na tej podstawie mógłbym napisać muzykę. Gotową sekwencję zobaczyłem dużo później i muszę przyznać, że zaparła mi ona dech w piersiach. W filmie animowanym muzyka nieustannie komentuje akcję, trzeba więc zwracać uwagę na najdrobniejsze szczegóły.
PIOSENKI
Otwierającą film nową wersję klasycznego standardu Sammy'ego Cahna i Sammy'ego Faina zatytułowanego "Second Star to the Right" oraz opisującą stan ducha Jane piosenkę "I'll Try" śpiewa Jonatha Brooke. Jonatha ma wspaniały głos i znakomicie oddaje wewnętrzne rozterki Jane - mówi Robin Budd. - Dzięki niej widz zrozumie, że nasza bohaterka z całego serca pragnie uwierzyć, ale nie potrafi się na to zdobyć. Stanowiącą "hymn" Zagubionych Chłopców piosenkę "So To Be One Of Us/Now That Yu're One Of Us" skomponowali They Might Be Giants. Jeden z członków grupy, John Flansburgh, mówi: Chcieliśmy pokazać, kim są Zagubieni Chłopcy. Zależało nam, by rozpierająca ich energia udzieliła się widzom. Napisy końcowe ilustruje klasyczny przebój grupy Lovin' Spoonful "Do You Believe in Magic" pochodzący z roku 1965. Jego nową wersję nagrała brytyjska grupa BBMak, którą tworzą Christian Anthony Burns, Stephen McNally i Mark Barry. Jej autor, John Sebastian, który jako pięciolatek obejrzał broadwayowską inscenizację "Piotrusia Pana" z Jean Arthur w roli Piotrusia i Borisem Karloffem jako kapitanem Hakiem, zmienił słowa piosenki tak, by bardziej pasowały one do filmu.
