"Chciałem, żeby nasz film robił duże wrażenie," mówi Bay, "dlatego dążyłem do współpracy z wojskiem. Zrobiłem już kilka filmów przy udziale Departamentu Obrony, świetnie nam się pracowało i dokładnie znałem ich zasady. Martwiłem się jednak trochę z powodu tego, że wiele oddziałów wojska jest poza krajem walcząc z terroryzmem, co zresztą powinno być ich głównym zadaniem."
Instalacje militarne, jakie wykorzystano w filmie to bazy Sił Powietrznych Holloman, Kirtland i Edwards oraz Pentagon.
Pracując z wojskiem, ekipa produkcyjna miała możliwość "wypożyczenia" sprzętu, który nie jest tak naprawdę dostępny - CV-22, F-117, a także samoloty transportowe C-130 i okręt wojskowy.
Podczas zdjęć w Holloman, jednym z ulubionych członków ekipy został major Daniel Ferris. Był w stałym kontakcie zarówno z reżyserem jak i jego asystentem Simonem Warnockiem, a także kolegami pilotami Sił Powietrznych. Koordynował przeloty bombowców z akcją rozgrywającą się przed kamerami na ziemi. Asystował także podczas zdjęć w powietrzu, które realizował operator zdjęć powietrznych David Nowell.
TRANSFORMERS był pierwszym filmem, którego realizatorom zezwolono na zdjęcia na terenie Pentagonu po wydarzeniach z 11 września. Zarówno obsada jak i ekipa produkcyjna czuła przez cały czas wagę odpowiedzialności i dokładnie wykonywała zalecenia gospodarzy. Kiedy zdjęcia zostały ukończone, wszyscy zostali zaproszeni do prywatnej Kaplicy Pamięci 11 września.
