Liman rozpoczął kompletowanie ekipy wspólnie z producentem Patrickiem Crowley i producentem wykonawczym Frankiem Marshallem Obaj są doświadczonymi profesjonalistami, a Marshall jest także uznanym reżyserem. Trzon produkcji znajdował się w Paryżu, co dało Limanowi możliwość zatrudnienia najbardziej utalentowanych filmowców i rzemieślników dostępnych we Francji. Stanowiło to, jednak, także spore wyzwanie gdyż właśnie Paryż jest dla ekip filmowych jednym z najtrudniejszych na świecie miast pod względem logistycznym i biurokratycznym.
“Zdobycie pozwoleń i autoryzacji jest w Paryżu niezwykle skomplikowane,” powiedział Crowley. “Trzeba przygotować szczegółową dokumentację każdego obiektu, który jest potrzebny do realizacji zdjęć. Należy dokładnie określić, gdzie będzie parkowała każda ciężarówka, gdzie będą zdjęcia, gdzie będą ustawione kamery. Takie dossier musi zostać przedstawione w ratuszu i prefekturze. Co więcej francuskie władze nigdy nie przekazują potrzebnych informacji osobom, które udzielają potrzebnych pozwoleń. Ruch uliczny jest tak wielki, że przeniesienie się z jednej lokalizacji na drugą w ciągu jednego dnia jest prawie niemożliwe. Jest to jednak jedno z najbardziej fotogenicznych miast na świecie. Obiekty zdjęciowe zostały wybrane w taki sposób, że większość widzów będzie zaskoczona.”
Chociaż autor zdjęć Oliver Wood, montażysta Saar Klein i drugi reżyser Alexander Witt na stałe pracują w Ameryce, scenograf Dan Weil i kostiumograf Pierre-Yves Gayraud, a także większość podstawowej ekipy byli Francuzami. Producent Richard Gladstein stwierdza, "Naszą intencją było pojechanie do Europy i zrobienie amerykańskiego filmu z europejską ekipą i europejską wrażliwością. Nie miała to być ekipa składająca się z turystów.” Przed wyzwaniem, jakie czekało na niego w Paryżu, Liman musiał nakręcić pierwszą sekwencję filmu rozgrywającą się na łodzi rybackiej, w typowej włoskiej. Filmowcy wybrali dwa bliźniacze miasta Imperia/Oneglia w północnej prowincji Włoch, które posiadały idealną zatokę i malowniczy port. W zatoce Imperia ekipa odkryła kuter - Aventura - który doskonale pasował do opisu łodzi, która ratuje Jasona Bourna, zawartego w scenariuszu. Przy współpracy lokalnych władz, Italian Riviera Alpi di Mare Film Commission i koordynatora ds. realizacji zdjęć na morzu Ransoma Walroda, ekipa przygotowała specjalną kamerę i oświetlenie potrzebne pierwszej nocy zdjęć na morzu.
“Usiłowaliśmy sfilmować Aventurę - z Mattem i aktorami grającymi włoskich rybaków - która znajdowała się około dwóch kilometrów od brzegu,” wspomina Crowley. Silny wiatr i deszcz zniweczyły ten plan. Ekipa musiała wrócić do zatoki i tam realizować zdjęcia Końcowy efekt zależał od specjalisty od efektów specjalnych Petera Donena, który ostatnio stworzył morskie tło w filmie U-571. Dla mieszkańców Imperii, którzy spacerowali nad zatoką, niesamowity widok stanowiła oświetlona w nocy i otoczona tajemniczą mgłą Aventura, na którą spływała woda z sześciu zbiorników (oprócz deszczu, który padał przez kilka dni).
Scena, w której Jason Bourne schodzi z pokładu Aventury, została nakręcona w sąsiadującej zatoce Oneglia. Pewnego ranka deszcz przestał na chwilę padać i Liman mógł wyreżyserować Matta Damona, który jako Bourne, idzie w kierunku nieznanych wydarzeń jakie mogą go spotkać w uroczym, włoskim, nadmorskim miasteczku. Słońce na dobre zagościło na planie Tożsamości Bourne’a, kiedy ekipa przeniosła się do Paryża.
