John Woo zgromadził na planie "Szyfrów wojny" znakomitych twórców, wśród których byli: autor zdjęć Jeffrey Kimball, montażyści Steven Kemper, Jeff Gullo i Tom Rolf, scenograf Holger Gross i odpowiedzialny za kostiumy Nick Scarano.
Zdjęcia rozpoczęły się 28 sierpnia 2000 i potrwały 20 tygodni. Kręcono je w plenerach Hawajów i południowej Kalifornii. Otwierającą film spektakularną sekwencję bitwy zrealizowano na prywatnym ranczo w Oahu nieopodal Honolulu.
Zajmujące powierzchnię około 4.000 akrów ranczo Kualoa należy do rodziny Morganów. Położone w dolinie między dwiema górami gospodarstwo do złudzenia przypomina krajobrazy wyspy Sajpan na Pacyfiku. Producent Terence Chang mówi: Początkowo otwierająca film bitwa nie miała być aż tak spektakularna, ale John Woo miał własną wizję tej sceny. Skończyło się więc na 280 eksplozjach i 700 statystach...
Aby przydać scenie należytego rozmachu, do ujęć wprowadzono generowane komputerowo okręty i samoloty. "Szyfry wojny" to najbardziej widowiskowy film, jaki John Woo kiedykolwiek nakręcił - mówi Terence Chang.
Zdjęcia do filmu są dziełem Jeffreya Kimballa, z którym Woo pracował wcześniej przy "Mission: Impossible 2". Operator mówi: John lubi, gdy wszystko jest w ciągłym ruchu. Uwielbia choreografię, chce, by kamera dosłownie tańczyła. Zależało mu na uzyskaniu maksymalnego realizmu, tak by widz odnosił wrażenie, że znalazł się na polu walki. Aby podkreślić widowiskowy charakter filmu, Kimball kręcił w szerokoekranowym formacie Super 35. Dzięki temu obraz nabiera rozmachu - mówi. Niektóre ujęcia rejestrowało 14 kamer, które ukrywano w samochodach, czołgach i okopach. Ich operatorzy zmuszeni byli nosić mundury i kryć się w tłumie statystów. Stosowaliśmy wszelkie znane nam formy kamuflażu, by znaleźć się w samym sercu akcji. Mieliśmy nawet stare kamery z okresu II wojny światowej, które obsługiwali operatorzy z marynarki wojennej - mówi Jeffrey Kimball.
Twórcy musieli rozwiązać skomplikowane problemy natury logistycznej. W realizacji niektórych scen udział brało 750 statystów, w tym 500 marines i 250 Japończyków. Jeśli dodamy do tego 350 członków ekipy, to okaże się, że na planie "Szyfrów wojny" pracowało jednocześnie ponad 1.000 osób! Wielu ze statystów miało przygotowanie wojskowe - byli to bowiem dawni marines, rekruci, rezerwiści lub żołnierze zawodowi na przepustce. Dzięki nim realizacja sceny bitwy przebiegła sprawnie i bez większych problemów. Obserwował ją scenarzysta John Rice, który mówi: To był niesamowity widok: tysiąc mężczyzn, czołgi i niezliczone eksplozje, a wszystko to w jednym ujęciu! Aktorzy nosili autentyczne mundury z okresu II wojny światowej oraz 1.300 mundurów amerykańskich i 1.000 japońskich, które uszyto ze starannie wyselekcjonowanych materiałów. Odpowiedzialny za kostiumy Nick Scarano odkrył, że marines często nosili niedopasowane mundury: Żołnierze ci dostali mundury jako ostatni, nic więc dziwnego, że nosili byle co - mówi.
W najniebezpieczniejszych scenach aktorów zastępowało 40 kaskaderów. Ich pracą kierował Brian Smrz, który współpracował z Johnem Woo przy czterech jego ostatnich filmach. Konsultant do spraw uzbrojenia "Rock" Galotti zgromadził ponad 500 sztuk broni palnej z okresu II wojny światowej oraz 700 gumowych replik. Broń pozyskał z kolekcji prywatnych i rekwizytorni. Galotti szacuje, że na planie zużyto ponad pół miliona nabojów. W filmie oglądamy także amerykańskie czołgi Shermana i japońskie Hago. John Woo nade wszystko przedkładał autentyzm. Widzowie zapomną, że oglądają film. Pomyślą, że sami znaleźli się na polu bitwy - mówi Tracie Graham. Aktorzy, z których wielu nie korzystało z pomocy dublerów, przyznają, że praca nad "Szyframi wojny" była niezapomnianym doświadczeniem. Po pierwszych dwóch dniach zdjęć trząsłem się jak osika - mówi Noah Emmerich. - Poznałem wojnę bliżej, niż tego chciałem.
W Oahu ekipie dały się we znaki tropikalne deszcze. Drogi stawały się nieprzejezdne, wszystko tonęło w błocie. Zdjęcia trzeba było niejednokrotnie przerywać, a kamery, sprzęt i kostiumy oddawać do magazynu. Po zakończeniu zdjęć na ranczu Kualoa ekipa przeniosła się do gajów kokosowych Dillingham Estate na północnym wybrzeżu Oaha, a po dwóch miesiącach pracy na Hawajach powróciła do południowej Kalifornii.
