Larry Waldman, producent wykonawczy, wieloletni współpracownik Bruckheimera, tak mówił o jego stylu pracy: Dla Jerry'ego nie istnieje słowo "nie". Zawsze ma ambicję, by na ekranie pokazać coś, czego nie pokazano do tej pory. Tak było i tym razem.
Zdjęcia rozpoczęły się w marcu 2007 roku w Los Angeles, gdzie kręcono sekwencje rozgrywające się w domu Patricka Gatesa w Pasadenie. Następnie zbudowano potężną dekorację przedstawiającą waszyngtońską ulicę z dnia zamachu na Lincolna, czyli 14 maja 1865 roku. Powstała ona na terenie słynnych Universal Studios. Na podstawie istniejącej ikonografii, odtworzono wygląd miasta, które nie miało jeszcze wówczas zdecydowanie wielkomiejskiego charakteru. W scenach na ulicy wzięło udział ponad 300 statystów ubranych w starannie odwzorowane, zgodnie z przekazami z epoki, kostiumy. Ważna scena spotkania Bootha ze spiskowcami, w tym z Gatesami: Thomasem i jego synem Charlesem, rozgrywała się w stylowej tawernie. Wykorzystano efekt tajemniczości i zagadki, jaki dawało ówczesne światło gazowe.
Kolejna wielka dekoracja to replika współczesnego zachodniego skrzydła Białego Domu, wraz ze słynnym Gabinetem Owalnym. W fabule filmu dużą rolę odgrywają dwa biurka o niezwykłej historii. Brytyjski okręt "Resolute", poszukujący angielskiego badacza sir Johna Franklina, utknął w arktycznym lodzie. W 1856 roku został odnaleziony przez amerykański statek rybacki, wyremontowany i podarowany królowej Wiktorii. Po dwudziestu kolejnych latach służby statek rozebrano. Z fragmentów jego kilu sporządzono dwa odmienne biurka. Jedno z nich znalazło się w Białym Domu, podarowane przez Anglików prezydentowi Ruthefordowi B. Hayesowi, drugie w pałacu Buckingham. Sporządzono na potrzeby filmu kopie obu biurek, podobno niemal nie do odróżnienia od oryginałów.
Tradycyjnie już drugą odsłonę "Skarbu narodów" kręcono w wielu miejscach związanych z amerykańską historią. W Waszyngtonie ważna scena pomiędzy Saduskym a Benem rozegrała się przed słynną fontanną naprzeciw Kapitolu.
Z kolei zdjęcia na ulicy przed Białym Domem, w Parku Lafayette, były objęte wieloma obostrzeniami i zostały przerwane na godzinę przez Secret Service, ze względu na wystąpienie prezydenta Busha. Reżyser wspominał, że zdjęcia w Waszyngtonie były trudne nie tylko ze względów bezpieczeństwa, ale i dlatego, iż mieszkańcy miasta, a także liczne wycieczki, poświęcały bardzo wiele uwagi pracy ekipy i obecnym na planie gwiazdom. Nocą kręcono zdjęcia w majestatycznej, głównej czytelni gmachu Biblioteki Kongresu, ponieważ w dzień korzystali z niej użytkownicy i zwiedzający. W celu uzyskania efektu dziennego światła, zawieszono w czytelni napełniony helem świetlny balon. Jefferson Building, gdzie znajduje się czytelnia biblioteki, ukończono w 1897 roku. Turteltaub twierdził, że chciał ukazać całe piękno i potęgę jego architektury. Amerykanie nie zdają sobie sprawy, jaki to niezwykły gmach - uzasadniał swoją decyzję wyeksponowania biblioteki w filmie. - Jego potężny styl ma także symboliczne znaczenie. To pomnik wiedzy, wykształcenia, wartości niezbędnych dla sprawiedliwych rządów. Uzyskawszy pozwolenie władz biblioteki, scenografowie dobudowali w głównej czytelni na czas zdjęć Bibliotekę Prezydencką, gdzie Ben i Abigail poszukują "Księgi tajemnic". Uczyniono to na balkonie nad czytelnią główną. Nie było to zadanie łatwe, ponieważ ze względu na zabytkowy charakter pomieszczeń, obowiązywały tu bardzo ostre ograniczenia. Kręcono też w hallu głównym, wyposażonym w imponującą marmurową posadzkę i potężne schody.
W Waszyngtonie wykorzystano scenerię malowniczego campusu Uniwersytetu Maryland, zwanego College Park. Wnętrza tamtejszej McKeldin Library zagrały biuro prasowe Białego Domu, kręcono też w scenerii parku. Tu miała miejsce przykra niespodzianka. Niespodziewana, kwietniowa śnieżna burza odmieniła krajobraz, w dodatku temperatura gwałtownie spadła poniżej zera. Napięty terminarz nie dawał wiele czasu na czekanie, aż pogoda radykalnie się poprawi. Tak więc Cage, Kruger, Voight i Bartha musieli wystąpić w letnich ubraniach, a śnieg oczywiście pracowicie stopiono.
Przyroda natomiast nie zawiodła później: w czasie, gdy kręcono w Waszyngtonie, zaczął się tam właśnie okres kwitnienia wiśni. Reżyser był z tego bardzo zadowolony. Całe miasto nabiera wtedy innego, niemal baśniowego charakteru, biel i róż kwiatów jest wszędzie - wspominał rozmarzony.
Ważna scena - lektura dokumentów na temat wojny secesyjnej, której dokonują Gatesowie: ojciec i syn oraz ich pierwsze spotkanie z Wilkinsonem - została nakręcona w George Washington Masonic Memorial w Wirginii. Pamiętając o masońskich motywach z pierwszego filmu, szukaliśmy połączenia tego tematu z wojną secesyjną. I udało nam się znaleźć takich połączeń całkiem sporo - wspominał producent Mike Stenson. Niezwykle istotną rolę odegrał dom prezydenta Waszyngtona w Mount Vernon, nad Potomakiem. W 1858 roku dom prezydenta został ocalony przed zniszczeniem przez stowarzyszenie The Mount Vernon' Ladies' Association of the Union. Obecnie znajduje się tam muzeum, którym zarządza organizacja George Washington's Mount Vernon Estate and Gardens. Po długich zabiegach, ekipa filmu dostała dwie kwietniowe noce, by pracować przed frontem słynnej rezydencji prezydenta, wybudowanej w 1752 roku i poddawanej potem kilkukrotnym przeróbkom. Nakręcono tu scenę eleganckiego przyjęcia urodzinowego współczesnego prezydenta USA, które nie bez powodu przerywa Ben. Scenografię przyjęcia, kolorystykę i rodzaj użytych namiotów stylizowano na wzór wystroju, jaki Jacqueline Kennedy zamówiła na cześć swego męża, Johna Fitzgeralda Kennedy'ego, podczas jego przyjęcia urodzinowego, które zorganizowała w Mount Vernon.
Turteltaub tłumaczył: Dom w Mount Vernon ma wartość ikony w amerykańskiej historii. To był okazały, jak na tamte czasy, budynek, lecz jeśli chodzi o dzisiejsze standardy, to co druga rezydencja w Beverly Hills jest od niego dwa razy większa. Lecz dom w Mount Vernon jest o parę klas piękniejszy. Filmowcy chcieli pokazać tę rezydencję w pełnej okazałości. Przeszkadzał im w tym uporczywy, lodowaty deszcz, który nagle pojawił się podczas pracy.
