Podczas kręcenia filmu nieoczekiwanie pojawiły się problemy. Już w trakcie zbierania materiałów Mullan i jego zespół napotkali na mur milczenia - ze strony Kościoła oraz świadków, którzy pamiętali zakłady Magdalenek – i którzy nie chcieli wracać do przeszłości. Kilka irlandzkich gazet odmówiło na przykład zamieszczenia ogłoszeń, w których reżyser prosił o pomoc w zbieraniu informacji tłumacząc, że temat jest zbyt kontrowersyjny.
Autorem scenografii do filmu był Mark Leese. Trudności przy pracy z filmem „Siostry Magdalenki” wynikała przede wszystkim z braku materiału zdjęciowego i filmowego. Dopiero rozmowy z osobami, które pracowały w zakładach Magdalenek zaczęły przynosić efekty. Zadaniem scenografii było oddanie surowej schludności pomieszczeń oraz fatalnych warunków pracy w pralniach. Leese: ”Postanowiliśmy zbudować scenografię wykorzystując zasadę kontrastu: z jednej strony czystość, porządek i wydajność pracy – z drugiej - ciężka praca, brudne i obskurne pomieszczenia, w których mieszkają dziewczęta”.
Peter Mullan: „Obejrzeliśmy wiele miejsc w Irlandii i Szkocji. Najodpowiedniejsze warunki znaleźliśmy w Dumfries na obrzeżach Szkocji. Aktorki czuły się tam obco – podobnie jak grane przez nie postaci skazanych dziewcząt musiały się czuć w zakładzie. Aktorzy pracowali w obcym kraju – podobnie jak grani przez nich bohaterowie, którzy żyli w obcym środowisku. To nam ułatwiło pracę.”
Budynek, w którym realizowano zdjęcia służył pierwotnie zakonowi Benedyktynów św. Józefa. Zakonników jednak ubywało, okolica wyludniała się, klasztor zaadaptowano więc na potrzeby miejscowego sądu. W okolicy klasztoru powstały końcowe sceny filmu - okolica „zagrała” Dublin na przełomie lat sześćdziesiątych i siedemdziesiątych.
