Skazani na miłość. Skazani by zabijać.
Ieyasu (Kazuo Kitamura), Pierwszy Shogun z rodu Tokugawa, ostatecznie zjednoczył Japonię i włada całym krajem. Ieyasu osiadł w zamku Sunpu, skąd sprawuje władzę. Chcąc po długich czasach wojny zaprowadzić całkowity pokój i utrzymać kraj w jedności, stara się zdusić w zarodku wszelkie potencjalne źródła konfliktu.
Cień Ieyasu pada na dwie odległe wsie – Manjidani, należącą do rodu Koga, i Tsubagakure, należącą do rodu Iga. Przez 400 lat obie wsie szkoliły wojowników ninja na mistrzów tajemniczych mocy i sztuk zwanych shinobi. Będące odwiecznymi wrogami wsie zgodziły się na układ z pierwszym Hattori Hanzo, który zabronił im walczyć ze sobą przy użyciu swych tajemnych sztuk. Obie wsie od lat unikają wszelkich kontaktów przestrzegając umowy, ale ironia losu złączyła ich drogi na powrót.
Gennosuke (Joe Odagiri), który ma zostać następnym przywódcą rodu Koga, i Oboro (Yukie Nakama), która ma zająć podobną pozycję w klanie Iga, są w sobie zakochani. Kiedy się poznali, nie wiedzieli kim są, ale była to miłość od pierwszego wejrzenia. Gdy dowiedzieli się wszystkiego, ich miłość nie osłabła. Jednak tragiczny los chce ich podstępnie rozdzielić na rozkaz Ieyasu. Tenkai (Renji Ishibashi), prawa ręka Shoguna, twierdzi, że wrogowie pokoju, tylko czekają na okazję i korzystając z pomocy mieszkańców Manjidani i Tsubagakure, chcą znowu wzniecić płomień wojny. Hattori Hanzo oznajmia przywódcom obu rodów, że z rozkazu Shoguna pięciu ninja z każdej wsi ma walczyć na śmierć i życie. Od tego, kto zwycięzcy i dotrze do Zamku Sunpu zależy, który z synów Ieyasu zostanie następnym Shogunem.
Rozkaz zakazujący konfliktu pomiędzy rodami Iga i Koga zostaje uchylony i każda ze wsi wybiera pięciu najlepszych ninja. Piątka wybrańców z Manjidani (ród Koga) to Gennosuke, wnuk przywódcy i jego przyszły następca, Kagero (Tomoka Kurowani), zdolna produkować truciznę we własnym ciele, jasnowidz Muroga Hyoma, Chikuma Koshiro, mistrz we władaniu łańcuchami zakończonymi sierpem i rzucaniu ostrzami oraz Kisagari Saemon, który potrafi przybrać twarz osoby, której dotknie. Z wioski Tsubagakure, należącej do rodu Iga, wybrano Oboro, wnuczkę i następczynię obecnej przywódczyni, nieśmiertelnego Yakushiji Tenzen (Kippei Shiina), nieposkromionego, zwierzęcego Mino Nenki, Yashamaru (Taku Sakaguchi), człowieka-pająka, który żelazną struną tnie przeciwników na kawałki oraz Hotaburi, władcę insektów, w tym trujących ciem budujących nieprzeniknione labirynty. Tylko jeden ninja, Gennosuke, wątpi w prawdziwość zamiarów Ieyasu i prowadzi piątkę swoich ludzi do Zamku Sunpu. Jednakże rozpoczyna się walka pomiędzy wybraną dziesiątką wojowników, w którą muszą się włączyć również Gennosuke i Oboro. W tle tych wydarzeń ujawniają się ukryte intencje Ieyasu – zdusić każdą iskierkę możliwej katastrofy i całkowicie zgładzić obie wsie. Czy nieszczęsna miłość bohaterów i cała przyszłość wojowników ninja padną ostatecznie ofiarą wielkiej intrygi Shoguna?
Los opuścił rody Koga i Iga oraz ich ludzi … miłość i tajemne sztuki ninja muszą znaleźć drogę w ciemnościach.
