Gdzieś w centrum Raccoon City niewielka grupa ludzi walczy o przetrwanie. Wśród garstki straceńców znajdują się: wojownicza Jill Valentine (Sienna Guillory), świeżo usunięta z szeregów militarnej formacji S.T.A.R.S. (Special Tactics and Rescue Services), należącej do korporacji Umbrella – a także Carlos Oliviera (Oded Fehr), dowódca oddziału S.T.A.R.S. Nieoczekiwanie z pomocą przychodzi im Alice. Przedzierając się przez hordy żywych trupów i zabójczych Lickerów (potworów, których śmiercionośne jęzory mają prawie dwa metry długości), bohaterowie szukają sposobu, jak uciec z Raccoon City... a przy okazji nie dać się zabić.
Ich jedyną nadzieją jest doktor Charles Ashford (Jared Harris), naukowiec pracujący niegdyś dla korporacji Umbrella. Doktor zgadza się pomóc grupie ocalałych – ale pod warunkiem, że wcześniej odnajdą jego córkę. Angie Ashford (Sophie Vavasseur) ukrywa się w jednym z licznych zakamarków Raccoon City. Alice, Jill i Carlos nie mają innego wyjścia, jak tylko utorować sobie do niej drogę przez otaczające ich zastępy upiorów.
Na tym jednak nie koniec ich zmartwień. W mieście pojawia się nowa, genetycznie zmodyfikowana istota, znana jedynie pod kryptonimem Nemesis. Ta chodząca superbroń ma tylko jedno zadanie: dopaść i zlikwidować naszych bohaterów. Major Cain (Thomas Kretschmann) z korporacji Umbrella nie zamierza pozostawić przy życiu niewygodnych świadków zbrodniczego eksperymentu. Dlatego nikt nie może uciec z Raccoon City. Alice, Jill i Carlos wkrótce przekonają się, co ich czeka...
