Pierwszy klaps „prymasa rozległ się w czerwcu 1999r. Zdjęcia kręcono głównie w Lubiążu, gdzie stary klasztor zagrał miejsce odosobnienia Wyszyńskiego w Stoczku Warmińskim, ale także w kościele Św. Anny w Warszawie i plenerach.
W Lubiążu wykorzystano naturalne wnętrza, bez ich adaptacji (poza podłogami, których fizycznie nie było i musiano je dobudować). Choć oryginalne wnętrza Stoczka Warmińskiego były w całości białe, tutaj zdecydowano się pozostawić ciemne, zniszczone ściany i sufity, pozwalające lepiej wykorzystać światło. Zdjęcia zakończono w lipcu. Przez 33 dni zdjęciowe naświetlono ponad 10 godzin taśmy filmowej.
Niecodziennym elementem „grającym” w filmie jedną z głównych ról jest kolor. Celowo ograniczono gamę kolorów, skupiając się głównie na zieleni i brązie. Inspiracją dla twórców był obraz El Greco „Portret Św. Franciszka”, a szczególnie „surowa” szata Świętego. Każdy element scenografii i kostiumów musiał być zaakceptowany pod względem kolorystycznym i odpowiadać „franciszkańskiej” wizji filmu. Podobnie rzecz miała się ze światłem. Używano specjalnych filtrów, podkreślając wspomniane wyżej barwy. I chociaż łączna moc światła użyta w filmie to ok. 150 KW, otrzymujemy obraz kolorystycznie stonowany, wręcz ascetyczny.
Cała ekipa zgodnie podkreśla wielką dyscyplinę, jaka panowała na planie. Szczególnie aktorzy wykazali się ogromnym profesjonalizmem i oddaniem, chcąc jak najlepiej oddać wielkość i siłę odtwarzanych postaci. Szczególnie podkreślana jest dyscyplina Andrzeja Seweryna, który do roli Prymasa specjalnie się przygotowywał. Pracę na planie poprzedził dokładnie zapoznając się z materiałami historycznymi i archiwalnymi o Prymasie Tysiąclecia. Na planie zmienił swój styl pracy, dietę i rytm dnia, dostosowując go niejako do warunków więziennych. Specjalnie dla niego sprowadzono z zagranicy jogurt z zawartością tłuszczu 0%, który podczas zdjęć stał się jego podstawową dietą. Dzięki temu znacznie schudł, co widzimy w filmie w scenach dziejących się w kolejnych latach pobytu Prymasa w Stoczku Warmińskim.
Podczas produkcji filmu zatrudniono konsultantów, którzy dbali o wierne odtworzenie realiów tamtych wydarzeń. Aby wiarygodność była absolutna, skorzystano z pomocy przedstawicieli obu, antagonistycznych wówczas stron: kościoła i ówczesnych władz. Udział konsultantów tych ostatnich wciąż owiany jest jednak aurą tajemniczości.
„Ten film musi przerosnąć jego twórców, aby mógł oddać wielkość Prymasa Tysiąclecia. Sami jesteśmy zbyt mali, więc nasz obraz musi być czymś więcej, niż jesteśmy my sami.” (Twórcy)
