Gęsta mgła zalega nad morzem. Nagle, jak z sennego horroru, cień olbrzymiego gada pada na okno samotnej latarni. W jego paszczy tkwią ostre jak brzytwa zęby, pazury zdolne są przeciąć stal, ryk brzmi echem przez stulecia, płetwy grzbietowe przypominają ognie błyskawic, a laserowy oddech zmienia wszystko w popiół. W ślad za przebudzeniem tej istoty idzie całkowite zniszczenie, a śmiertelnie przerażona Japonia może się tylko zastanawiać, gdzie ponownie pojawi się owo monstrum. Godzilla, król potworów, wróciła.
Japoński naukowiec Shinoda (Takehiro Murata) stoi na czele grupy GPN - Godzilla Prediction Network (Grupa Obserwatorów Godzilli - GOG). Próbuje on odgadnąć motywy postępowania Godzilli i przewidzieć, gdzie się ona pojawi. Jego celem jest zbadanie natury potwora i ochranianie go.
Tymczasem Godzilla (gra ją Tsutomo Kitagawa) - potężny, niezniszczalny jaszczur wychodzi z kryjówki w głębinach oceanu. Shinoda razem z nastoletnią córką Yo (Mayu Suzuki), która pomaga mu w pracach badawczych i z dziennikarką Yuko (Naomi Nishidi), która za wszelką cenę chce zrobić zdjęcie Godzilli, podąża jej śladem. Shinoda próbuje powstrzymać Katagiriego (Hiroshi Abe), szefa CCI (Crisis Control Intelligence) - Agencji Bezpieczeństwa Narodowego przed zniszczeniem Godzilli. Katagiri postawił sobie za cel jej zabicie, bez względu na konsekwencje.
Z dna morza wynurza się też meteor, który ma 60 milionów lat i zmienia się we wrogi Ziemi statek kosmiczny. Ze statku zaś wychodzi Orga - gigantyczne, śmiertelnie niebezpieczne stworzenie. Japonia pogrąża się w panice i w chaosie. Pomóc może tylko Godzilla.
