Okręt podwodny „The Belafonte”, według koncepcji Andersona, miał mieć własną „osobowość”, stać się praktycznie jednym z bohaterów filmu. Reżyser miał dokładną jego wizję: powinien przypominać okręty z czasów II wojny światowej, mieć około 50 metrów długości i przywodzić na myśl słynny okręt Jeana-Jacquesa Cousteau „Calypso”. Nawiasem mówiąc, ten historyczny statek powoli niszczeje w doku w La Rochelle.
Po kilku miesiącach poszukiwań znaleziono stary, ponad pięćdziesięcioletni stawiacz min, w Capetown, w RPA. Przetransportowano go do Rzymu, dobudowano wieżyczki obserwacyjne i wiele urządzeń charakterystycznych dla jednostek oceanograficznych. Większość sekwencji we wnętrzu statku zrealizowano w starannie zrekonstruowanych dekoracjach w studiu, chociaż początkowo Anderson chciał je nakręcić w autentycznym wnętrzu. Jednak przesuwanie ścian z aluminium, konieczne, by ułatwić ruchy kamery, okazało się zbyt skomplikowane i czasochłonne. Poza tym, Anderson marzył o nakręceniu wstępnej sekwencji, pokazującej z góry krzątaninę wszystkich bohaterów. Mógł tego dokonać tylko za pomocą dekoracji lub technik komputerowych. Tego ostatniego rozwiązania jednak unikał.
Łódź zresztą naprawdę wypłynęła, z najważniejszymi członkami ekipy na pokładzie, ponieważ reżyser chciał nakręcić jeden z dokumentalnych filmów autorstwa ekipy Zissou. To doświadczenie nas połączyło i związało z naszym okrętem – śmiał się reżyser. – Tym bardziej, że wszyscy byliśmy bliscy choroby morskiej.
Z „The Belafonte” kontrastował okręt Hennessy’ego – supernowoczesny i superfukcjonalny. „Zagrał” go wypożyczony w tym celu nowoczesny okręt NATO – „The Elite”.
Włoscy specjaliści z Cinecittá zbudowali też bardzo stylowy batyskaf, odgrywający ważną rolę w rozwoju akcji.
