Następne zdjęcia miały miejsce na wyspach Exumas w styczniu 2006 r. - były to sceny walki z udziałem Blooma, Knightley, Rusha i Deppa. Potem powrócono na Bahamy, gdzie panowały ciężkie warunki pogodowe. Tu powstały liczne sekwencje do "Skrzyni..." oraz scena ucieczki Elizabeth z Latającego Holendra na statek Sao Fenga. Działo się to 2 lutego 2006 r. Silny wiatr miotał Latającym Holendrem i statkiem chińskiego kapitana, "Imperatorową", jak zabawkami. Ruge wspominał: Kręciliśmy przejście po linie pomiędzy dwoma okrętami. Cięższe warunki trudno sobie wyobrazić. Pomimo zabezpieczeń był to naprawdę wielki wyczyn. Nad porywami wiatru nijak nie można było zapanować. Jeden z kaskaderów spadł z liny, ale na szczęście obyło się bez obrażeń. Eric McLeod, jeden z producentów wykonawczych, skomentował: Dobrze przyjrzyjcie się tej sekwencji. Moim zdaniem wejdzie ona do historii kina. Tu nie było żadnych tricków. A wkrótce zapewne tego typu sceny będą realizowane wyłącznie za pomocą "blue screen".
7 lutego 2006 roku nakręcono ostatnią scenę drugiej części cyklu. Teraz ekipa skoncentrowała się jedynie na części trzeciej.
