Po wybuchu II wojny światowej Warszawa stała się jednym z pierwszych celów niemieckich nalotów. 16 września 1939, po ciężkim bombardowaniu przez Luftwaffe, niemieccy żołnierze rozpoczęli oblężenie miasta. Mimo bohaterskich prób oporu, podjętych przez prezydenta Stefana Starzyńskiego i generała Juliana Rommla, 27 września zmuszeni byli poddać się.
Niemcy wkroczyli do miasta 1 października. Rozpoczęła się okupacja. Jedzenie racjonowano. Oficerowie SS dla rozrywki strzelali do przypadkowych przechodniów.
Wszyscy Żydzi zostali zmuszeni do noszenia białej opaski z niebieską gwiazdą Dawida (1 grudnia 1939).
Hitlerowcy rozpoczęli tworzenie getta, zajmującego powierzchnię 403 hektarów, które zostało ogrodzone murem i drutem kolczastym. W dniu 15 listopada 1940 roku przesiedlono do niego 360.000 Żydów, czyli niemal 30% populacji miasta. Wkrótce liczba ta wzrosła do 500.000. 100.000 zmarło z głodu i chorób. Do getta przetransportowano wszystkich Żydów z okolicy. Mieszkańców getta podzielono na brygady przymusowej pracy. Mimo straszliwych warunków, mieszkańcy getta żyli codziennym życiem. Działały szkoły, a nawet tajne organizacje polityczne. Między lipcem a sierpniem 1942 rozpoczęły się masowe deportacje. Niemal 310.000 Żydów z getta stłoczono w bydlęcych wagonach i wywieziono do obozów zagłady, głównie w Treblince.
W marcu 1943 Himmler wysłał gruppenfuhrera SS Jurgena Stroopa z rozkazem zdziesiątkowania reszty populacji żydowskiej. 19 kwietnia 1943 wzrost liczby masowych egzekucji potwierdził zamiary nazistów. W getcie wybuchło powstanie pod wodzą Mordechaja Anielewicza, przywódcy socjalistycznego ruchu syjonistycznego (Ha-Somer Ha-Sa'ir). W powstaniu udział wzięło 40.000 Żydów. Tylko 200 z nich było uzbrojonych. Rozpoczęła się desperacka walka. Przez niemal miesiąc, do 16 maja, mieszkańcy getta dawali odpór wojskom niemieckim, które wprowadziły do walki czołgi i ciężką artylerię. Powstańcy nie mogli liczyć na pomoc bojowników polskiego ruchu oporu ani znajdujących się w pobliżu Rosjan. W walce zginęło 7.000 Żydów, dalszych 30.000 deportowano.
Gdy Niemcy opuścili Warszawę w styczniu 1945, w mieście pozostało zaledwie około 20 Żydów.
