Jean-Baptiste Grenouille przychodzi na świat pewnego letniego dnia 1744 roku na śmierdzącym targu rybnym na jednej z paryskich ulic. Jego matka pragnie ukryć niechciane dziecko pod ladą, pośród rybich wnętrzności, jednak noworodek wydaje z siebie donośne krzyki, które sprawiają, że przechodnie ratują mu życie. Kobieta zostaje pojmana i stracona jako niedoszła dzieciobójczyni. Mały Grenouille spędza pierwsze lata swojego życia w ochronce prowadzonej przez panią Gaillard. Pozostałe dzieci od razu wyczuwają, że niemowlę jest inne niż one i próbują je udusić już pierwszego dnia jego pobytu w sierocińcu. Jednak Pani Gaillard, bardziej dla paru franków zarobku niż z czystej litości, ratuje malucha z opresji. W wieku sześciu lat Grenouille jeszcze nie umie mówić. Jednak staje się jasne, że chłopiec posiada pewien rzadki dar - fenomenalny węch, który staje się jego dominującym zmysłem i narzędziem poznawania otaczającego go świata. Kiedy Grenouille ma 13 lat pani Gaillard sprzedaje go właścicielowi garbarni. Wielogodzinna praca w wypełnionych żrącymi kwasami kadziach jest ciężka i bardzo niebezpieczna, ale chłopcu udaje się przetrwać w tych ciężkich warunkach.
Pewnego dnia dorosły już Grenouille, mając dostarczyć wygarbowane skóry, przemierza paryskie ulice i poznaje miasto z całym bogactwem jego zapachów. Tu napotyka na najbardziej rozkoszną woń, jakiej kiedykolwiek doświadczał i postanawia za nią pójść. Śledzi ją mrocznymi uliczkami i w końcu odkrywa jej źródło - piękną dziewczynę z koszem śliwek. Ta boi się nieznajomego, więc Grenouille zakrywa jej usta, tak aby nie mogła przerwać chwili pachnącego szczęścia. Dziewczyna wyrywa się, by za chwilę osłabnąć - Grenouille ku własnemu przerażeniu uświadamia sobie, że ją udusił. Rozpaczliwie stara się zatrzymać jej zapach, najpiękniejszą woń jaką spotkał w swoim życiu, tak jakby chciał wchłonąć ją już na zawsze. Jednak zapach bezpowrotnie umyka razem z życiem jego ofiary. Grenouille postanawia go w jakiś sposób odzyskać.
Chłopak zgłasza się do doświadczonego perfumiarza Baldiniego i staje się jego uczniem. Mistrz wiele lat temu stracił zdolność komponowania perfum i rozpaczliwie próbuje stworzyć autorski zapach, który odbuduje jego reputację. Niepozorny Grenouille w kilka minut sporządza mieszankę, która podbija serca paryskich dam i rozkręca na nowo biznes Baldiniego. W zamian za to mistrz zapoznaje go z technikami uchwycenia i zachowania zapachów. Grenouille wkrótce odkrywa, że żadna z metod Baldiniego nie pozwoli mu wydestylować woni żywej istoty. Mistrz, zaopatrzony w dokładne receptury na kilkadziesiąt następnych lat, wyprawia swojego ucznia do Grasse - stolicy perfumiarzy.
W drodze Grenouille dokonuje przerażającego odkrycia - przekonuje się, że nie ma własnego zapachu. Załamany, kilka lat koczuje w jaskini i oddala się od świata ludzi. W końcu jednak postanawia powędrować do Grasse i tam stworzyć zapach, który zastąpi mu naturalną woń. Kiedy zbliża się do miasta, mija go powóz wiozący Laurę, piękną córkę bogatego kupca Richis. Chłopak znów czuje zapach, który tak go kiedyś zachwycił i który chce za wszelką cenę posiąść. Dociera do Grasse i zatrudnia się u pani Arnulfi - właścicielki małej perfumerii. Dostaje jedynie parę franków wynagrodzenia i obskurny kąt z legowiskiem, ale za to w wolnych chwilach może zgłębiać technikę "nawonienia", która pozwala zachować mu każdy zapach, jaki tylko napotka na swojej drodze.
W ciągu najbliższych tygodni mieszkańcy Grasse znajdują kilkanaście martwych ciał młodych i pięknych dziewcząt. Rada miejska, obawiając się zamieszek, pośpiesznie szuka winnego i dokonuje egzekucji na pierwszym podejrzanym. Kupiec Richis jako jedyny podejrzewa, że morderstwa nie są dziełem pospolitego rzezimieszka, lecz opętanego "kolekcjonera" kobiecego piękna. Kiedy całe miasto oddycha z ulgą, Richis postanawia wywieźć swoją córkę do ustronnego pałacyku nad morzem. Tymczasem Grenouille w swoim małym warsztacie ma już dwanaście fiolek wypełnionych pachnącą esencją. Brakuje mu tylko tej jednej, najistotniejszej nuty. Niezawodny węch podpowiada Grenouille'owi, że Laura opuściła miasto. Chłopak, posługując się jedynie własnym powonieniem, śledzi dziewczynę i jej ojca, dociera do miejsca ich schronienia i zabija swoją ostatnią ofiarę. Kiedy Richis opłakuje córkę, Grenouille dopełnia dzieła swojego życia - tworzy ostateczną wersję pachnidła.
Wkrótce zostaje pojmany i skazany na śmierć. Jednak w dniu egzekucji ma przy sobie coś, co daje mu tajemniczą władzę - flakonik wypełniony zapachem. Tuż przed wykonaniem wyroku Grenouille perfumuje się, a obezwładniająca woń doprowadza gapiów do prawdziwej ekstazy. Egzekucja zamienia się w publiczną orgię. Nikt, nawet Richis, nie jest w stanie oprzeć się sile działania mikstury, więc mieszkańcy Grasse niebacznie wybaczają Grenouille'owi jego zbrodnię.
Chłopak wyrusza do Paryża. W kieszeni ma flakonik z pachnidłem, które budzi pożądanie w każdym, kto poczuje jego zapach?
