Kluczowym pojęciem podczas procesu produkcji była "logistyka". Zdjęcia rozpoczęto pod koniec czerwca 2005 trzydniową wycieczką do Prowansji w celu sfilmowania żniw lawendy jeszcze póki pola są w pełnym rozkwicie. Zdjęcia trwały od 12 lipca do 16 października 2005 roku. Ekipa spędziła pierwsze 15 dni na największym planie filmowym Bavaria Studios w Monachium, kręcąc sceny terminującego Grenouille'a (Ben Whishaw) i jego mistrza, Baldiniego
(Dustin Hoffman) oraz te rozgrywające się w pracowni Madame Arnulfi (Coranna Harfouch). Reszta filmu, włącznie z paryskim targiem rybnym i "perfumowym miastem" Grasse, została nakręcona w Hiszpanii (Barcelona, Figueres, Girona.) Reżyser Tom Tykwer stał na czele ekipy ponad 520 techników i 67 aktorów, koordynował ponad 100 planów filmowych i 5200 statystów. Projekt ten był dla artystów i obsługi technicznej prawdziwym filmem drogi, gdyż cała ekipa musiała wszędzie podążać w ślad za nieustannie przemieszczającym się głównym bohaterem, Grenouille.
Momentami było to odrobinę absurdalne - stałem po kostki w rybich wnętrznościach i wydawałem w czterech językach instrukcje przeszło tysiącowi stłoczonych wokół mnie statystów wspomina wesoło Tykwer. Według niego po prostu trzeba było przyjąć do wiadomości, że wszystko zależy od dobrze opracowanej logistyki.
Jednak zanim na horyzoncie pojawiły się martwe ryby i kakofonia głosów wielonarodowej ekipy filmowej, Eichinger i Tykwer spędzili dużo czasu na starannych przygotowaniach, a pomogło im w tym trzech kluczowych członków zespołu: operator - Frank Griebe, scenograf - Uli Hanisch i projektant kostiumów - Pierre-Yves Gayraud.
Griebie, wielokrotny laureat Niemieckiej Nagrody Filmowej (między innymi za Biegnij, Lola, biegnij), pracował przy wszystkich filmach Toma Tykwera. Hanisch, zdobywca Niemieckiej Nagrody Filmowej za scenografię do Eksperymentu Olivera Hirschbiegela, miał duży wpływ na stylistykę wielu projektów reżysera. Gayraud zaprojektował kostiumy do jego nagrodzonego filmu krótkometrażowego True, poznał go zaś przez gwiazdę Biegnij, Lola, biegnij, Frankę Potente, z którą pracował przy Tożsamości Bourne'a Douga Limana.
Na początku mnóstwo czasu spędziliśmy na studiowaniu malarstwa, literatury i dzieł akademickich dotyczących XVIII-wiecznej Francji pod panowaniem Ludwika XV - twierdzi scenograf Hanisch. Chcieliśmy na tyle zapoznać się z tym konkretnym okresem rokoko, by móc się nim swobodnie posługiwać, budując tło dla fabuły filmu. Tykwer rozwija tę myśl: Nakręciliśmy film kostiumowy, którego nie ogląda się jak typowe dzieło tego rodzaju. Od samego początku osadziliśmy fabułę w bardzo intensywnej rzeczywistości, która natychmiast likwiduje przepaść między widzem a, początkowo obcym, kontekstem XVIII wieku. Chcieliśmy nakręcić film, w którym będzie maksimum akcji. Widzowie powinni już na wstępie skoncentrować się na fabule, urok tła - jakkolwiek olśniewający - nie może odwracać od niej uwagi.
Historia osadzona jest w Paryżu i na południu Francji, a sięga od lat 30. do 60. XVIII wieku.
Twórcy musieli dowiedzieć się jak najwięcej o tej epoce, zrozumieć to, co symbolizował Louis Quinze, jak działały mechanizmy społeczne, jak zachowywali się ówcześni ludzie i w co wierzyli.
Nasz film cechuje się wyraźnie mroczną estetyką i opowiada historię zagadkowej postaci. Skupiliśmy się wobec tego na malarzach, którzy specjalizowali się w ciemności, posługiwali się niewieloma źródłami światła - twórcach takich jak Caravaggio, Joseph Wright, czy nawet Rembrandt. W tych czasach ludzie mogli tchnąć w swój świat odrobinę światła tylko za pomocą świec. Poza tym ich wszechświat był całkowicie czarny. - twierdzi Tykwer.
Projektant Gayraud już przed dołączeniem do projektu miał renomę swego rodzaju eksperta w dziedzinie XVIII-wiecznej mody francuskiej. Już na rok przed rozpoczęciem zdjęć spędziłem 15 tygodni na badaniach. Przekopałem się przez górę książek, esejów i ilustracji z tego okresu.
Przygotowałem projekty kostiumów do każdej sekwencji. Gayraud musiał sięgnąć do indywidualnych cech każdego z bohaterów filmu. Przykładowo postać bezwonnego, obcego Grenouille'a wymagała bardzo konkretnej palety i tekstury. Ponieważ chcieliśmy ukazać bohatera jako cień, kameleona, nie ma w jego ubiorze ani skrawka bieli, zaś krój jego - głównie niebieskiego - ubrania wierzchniego nie zmienia się przez cały czas trwania filmu. To ułatwia mu pozostawanie "niewidocznym" na mrocznych peryferiach świata. Gayraud postanowił ubrać Rachel Hurd-Wood, grającą niewinną córkę kupca, Laurę, nie w tradycyjną, kolorową sukienkę ludową, lecz raczej w bardziej stonowane barwy paryskiej demoiselle, podkreślając w ten sposób jej ambicje społeczne i wspaniałe, ogniste włosy.
Gayraud musiał również zdobyć odpowiednie tkaniny do uszycia kostiumów i pozyskać warsztat, w którym można by je było uszyć. Zdecydowano się na Rumunię, gdzie też - obok Indii - kupiono większość niezbędnych materiałów. W przeciągu trzech miesięcy w okolicach Bukaresztu przygotowano ponad 1400 kostiumów (włącznie z butami, kapeluszami i innymi akcesoriami), które następnie wysłano na miejsce zdjęć. Żaden z nich nie miał jednak wyglądać na nowy. Nasze ubrania musiały być brudne i przepocone, śmierdzieć podobnie jak noszący je ludzie. Gdy tylko kostiumy były gotowe, musieliśmy sprawić, by wyglądały na zupełnie zużyte i uświnione. Było to niewątpliwie najtrudniejsze z zadań w ramach całego procesu przygotowywania kostiumów zaznacza z krzywym uśmiechem Tykwer, wspominając zdezorientowane oblicza rumuńskich krawców. Ponadto aktorzy musieli założyć kostiumy i chodzić w nich jeszcze przed rozpoczęciem zdjęć. Według Tykwera w ten sposób poznali każdy szew tego, co mieli na sobie.
Zużycie kostiumów miało jednocześnie sprawić, by XVIII-wieczny fetor (będący kluczowym komponentem pierwowzoru) stał się "widoczny" również w filmie. Literatura musi zawsze jakoś radzić sobie z odwzorowaniem zmysłów, w końcu książki zwykle nie pachną. Jednak dla Tykwera film jest równie odpowiednim językiem, co literatura. Dlatego też nasz filmowy "wszechświat" musiał być namacalny, wyczuwalny. To oznaczało, że publiczność musiała naprawdę bezpośrednio doświadczyć wszystkich odczuć Grenouille, poczynając od jego narodzin w brudzie paryskiego targu rybnego.
Tykwer i Eichinger musieli zdecydować, gdzie wybudować 104 plany zdjęciowe, których wymagała skomplikowana intryga. Paleta książki sięga od najbardziej plugawego miejsca na ziemi (paryski targ rybny połowy XVIII wieku) po jedno z najbardziej uroczych (Grasse, słoneczne, pachnące miasteczko na południu Francji.) Co ciekawe Pachnidło jest filmem drogi. Grenouille przemieszcza się nieustannie z miejsca na miejsce twierdzi reżyser, Tom Tykwer opisując przestrzenną strukturę fabuły. Z sierocińca przenosi się do garbarni w Paryżu, następnie do swego mistrza, Baldiniego. Potem wyrusza w góry, znika w jaskini, by wreszcie trafić do Grasse, gdzie zaczyna mordować na dużą skalę. Ekranizacja Pachnidła jest wyjątkowa, gdyż wszystkie te miejsca, opisane w powieści, musiały zostać stworzone od zera, aby można było szczegółowo oddać realia XVIII wieku.
Na początku brano pod uwagę Chorwację, z uwagi na jej malowniczość i przepiękne, tradycyjne miasteczka. Rozważano także rozwiązanie oczywiste - nakręcenie filmu we Francji. Współczesny Paryż i Grasse są jednak od siebie zbyt odległe, by umożliwić szybkie przemieszczanie się pomiędzy planami. Dopiero w Hiszpanii ekipa natrafiła na istne plenerowe El Dorado.
Wybrano uliczki i rynki w Barcelonie, Gironie i Figueres (wszystkie w promieniu 125 mil) które, choć nie do końca autentyczne, mogły zostać przy odrobinie wysiłku przekształcone w Louis Quinze. Burmistrz Barcelony, Juan Clos, był niesamowicie pomocny i uruchomił oficjalną kampanię, by wspomóc produkcję filmu.
Pod koniec lata 2005 roku przedstawicielka do spraw produkcji, Christie Rother, wydała zgodę na przekształcenie historycznego centrum Barcelony, Barri Gotic, w paryski targ rybny najpaskudniejsze miejsce w najbrudniejszej z metropolii XVIII-wiecznej Europy. Ponad 350 ludzi pracowało w Barcelonie przez 29 dni, by przekształcić jej ulice w alejki Paryża, tworząc między innymi perfumerię Pelissier, w której Grenouille po raz pierwszy natrafia na zapach we flakonie.
Miasto to zastąpiło także Grasse, w którym znajduje się willa Richi, katedra i wielki rynek, gdzie miała zostać przeprowadzona egzekucja Grenouille'a.
W faktyczną budowę scenografii zaangażowane było 100 osób. Wszystkie te elementy "gotyckiej dzielnicy" Barcelony, które zostały uznane za zbyt nowoczesne, zostały skryte pod ogromnymi lateksowymi konstrukcjami, przykrywającymi całe domy w celu zamaskowania tak niezręcznych detali jak kable elektryczne, czy współczesne ramy okienne. Lateks został następnie poddany chemicznej obróbce i przyozdobiony tak, by wpasować się między pozostałe, historyczne budynki. Na jednej z ulic, słynnej Carter Ferran, posłużono się ponad 80 "parawanami", by odciąć na cały dzień wszelki ruch pieszy i samochodowy.
Wszystkie guziki w kostiumach ludzi pochodzących z klas wyższych musiały zostać ręcznie pomalowane, by odzwierciedlić ówczesną modę. Ponad tysiąc flakonów wypełniono kolorową wodą - oczywiście nie posługiwano się prawdziwymi perfumami. Ponadto specjalnie na użytek sceny w perfumerii przygotowano 150 flakonów, nadając im romantyczne nazwy takie jak "Amor i Psyche", czy "Neapolitańska noc". Każdy plan zdjęciowy, każdy rekwizyt, każdy kostium został wykonany z niezwykłą dbałością o szczegóły.
Jednak na tym nie zakończyła się konstrukcja scenografii. Na potrzeby filmu utworzono oddzielną "Brygadę Syfiarzy", złożoną z ok. 60 młodych ludzi, którzy przy pomocy wiader i szlauchów pokryli miasto różnego rodzaju nieczystościami - na koniec zaś mieli za zadanie przywrócenie go do stanu pierwotnego.
Tykwer wspomina tę "brudną robotę" z ogromną nostalgią. Wspaniale było przekształcać cudownie odrestaurowaną barcelońską starówkę w paskudny, śmierdzący, paryski targ rybny. Na początek rozrzucono po całym rynku dwie i pół tony ryb i tonę mięsa, co wywołało smród wyczuwalny w promieniu kilku mil. Wszystko to musiało zaś jeszcze tego samego dnia zostać sprzątnięte przez "Brygadę Syfiarzy". Na użytek filmu zaśmiecono całe ulice, lecz zdjęcia mogły odbywać się tylko pomiędzy ósmą rano i południem. Z kolei statyści, by założyć peruki, sztuczne szczęki itp., musieli zgłosić się do garderoby o pierwszej nad ranem, gdyż proces charakteryzacji trwał ponad sześć godzin. Hiszpańscy statyści zostali pobieżnie przeszkoleni w swych fachach. Byli albo prawdziwymi zawodowcami, np. handlarzami ryb, albo nauczyli się odpowiednich umiejętności specjalnie na użytek roli.
Tykwer, nazwany przez swą ekipę "Władcą Syfu", często osobiście nadzorował śmiecenie miasta i modyfikował określone obszary, jeśli według niego wyglądały na zbyt czyste. Szczególną uwagę przywiązywał do wyglądu statystów. Podczas kręcenia zdjęć zawsze trochę traci się perspektywę, a gdy statyści są ucharakteryzowani, czasem wygląda to wszystko na zbyt zaaranżowane. Dlatego musiałem osobiście dopilnować, by wszyscy wyglądali naprawdę paskudnie. Charakteryzacja zawsze na początku wygląda zbyt ładnie - wynika to z takiego a nie innego szkolenia wizażystów z szelmowskim uśmiechem zauważa Tykwer.
Na scenę, w której Grenouille staje przed tłumem, który przyszedł na jego egzekucję, przeznaczono cały tydzień. Poble Esapanol, popularne muzeum pod gołym niebem, okazało się być idealną scenerią dla tej niesamowitej sekwencji, w której posłużono się 750 statystami, wspieranymi przez brygadę 40 wizażystów i 35 garderobianych.
Poza 29 dniami zdjęciowymi w Barcelonie, ekipa filmowa spędziła też 8 dni w znajdującej się nieopodal Gironie i 15 dni w mieście Dalego - Figueres. Oba miasta znajdują się w północno-wschodniej części Hiszpanii, niedaleko od pirenejskiej granicy z Francją. Kilka scen w górach i lesie nakręcono w okolicach Girony. Tam umieszczono także dom i studio Madame Arnulfi, u której Grenouille uczy się wyszukanej sztuki nawonienia - ekstrakcji olejku kwiatowego. W malowniczym Castell de San Ferran w Figueres umiejscowiono kolejne plany filmowe, w tym cuchnącą garbarnię Grimala, a także paryskie bramy miejskie. Lochy zamku, zgodnie z ich pierwotnym przeznaczeniem wykorzystano podczas scen więziennych. W Figueres odtworzona została nawet jaskinia we francuskim Masywie Centralnym, w której Grenouille odkrywa, że sam jest całkowicie bezwonny.
Tykwer jest uznanym muzykiem i skomponował ścieżki dźwiękowe do wszystkich swych filmów. Wspólnie z kolegami ze swego zespołu Pale 3, Johnnym Klimkiem i Reinholdem Heilem stworzył muzykę także do Pachnidła. Efekty komputerowe i specjalne zostały wykonane przez mistrzów z praskiej firmy UPP (twórców efektów do wielu filmów, między innymi do Obcy kontra Predator).
