Dla wielu czytelników, współczesnych i tych z przeszłości, ewangelia św. Jana jest „ewangelią duchową”. Kładzie ona nacisk na fakt, iż Jezus przychodzi od Boga na początku opowieści i powraca do Niego na końcu.
W pierwszej części ewangelii przytoczone są rozmowy Jezusa z Samarytanką, Nikodemem, który przyszedł do Jezusa w nocy, ślepcem i innymi ludźmi. Rozmowy te, oddane w żywy i kunsztowny sposób, nie pojawiają się w innych ewangeliach. Jan relacjonuje te same wydarzenia inaczej niż Mateusz, Marek i Łukasz. Tak jest m.in. w wypadku relacji z „oczyszczenia świątyni”, która u św. Jana umiejscowiona jest w zupełnie innym momencie. Św. Jan przytacza rozbudowane wypowiedzi Jezusa; u innych ewangelistów Chrystus przemawia krótkimi zdaniami i przypowieściami. Służba kapłańska Jezusa oparta jest na siedmiu „znakach” lub cudach: zamiana wody w wino, uzdrowienie syna urzędnika, uzdrowienie paralityka, chodzenie po wodzie, nakarmienie pięciotysięcznego tłumu, uzdrowienie ślepca, wskrzeszenie Łazarza. W przeciwieństwie do Mateusza, Marka i Łukasza, Jan nie wspomina o egzorcyzmach dokonywanych przez Jezusa. W pozostałych ewangeliach, Jezus tylko raz podróżuje do Jerozolimy, prawdopodobnie w celu odbycia rocznej służby kapłańskiej. W ewangelii według Jana, w ciągu trzech lat, odbywa on kilka takich podróży. Uznanie go za Mesjasza następuje na początku opowieści, podczas gdy w pozostałych ewangeliach jest to powolny proces.
Ewangelia według Jana jest jedyną, która wprost mówi o powodach, dla których została spisana. Pod koniec, autor stwierdza, że jego celem było pokazanie, że „Jezus jest Mesjaszem, Synem Człowieczym”. Użyte są w niej rozmaite środki literackie, jak np. powtórzenia, aby ułatwić zrozumienie jej przesłania. Dzięki temu może być doceniona na wielu poziomach. Autor nie waha się wykorzystać emocji i dramatyzmu dla osiągnięcia swego celu.
Najbardziej zachwyca w ewangelii św. Jana to, że buduje ona pomost pomiędzy czasami „przed stworzeniem świata” i przyszłymi pokoleniami, które będą „wierzyć, że Jezus jest Mesjaszem, Synem Człowieczym”.
