Pomimo że akcja MAŁYCH AGENTÓW dzieje się gdzieś na końcu świata, większość zdjęć powstała w rodzinnym mieście Roberta Rodrigueza, w Austin, w Teksasie. Na planie filmowym znaleźli się chyba wszyscy członkowie ekipy produkcyjnej i filmowej pochodzący z tego miasta.
Już po rozpoczęciu zdjęć Robert Rodriguez zniknął na cały tydzień i jak się okazało, poleciał do Chile. Wrócił z taśmą filmową, która przedstawiała pejzaż doskonale nadający się na okolice zamku Floopa i tło lotów samolotowych. Zdjęcia podwodne zrobiono zaś na Bahamach.
Reszta zdjęć powstała w Austin. Trwały one 59 dni. W jednej z bardziej rozbudowanych scen filmu - w bajkowej scenie wesela Ingrid i Gregorio, która kończy się inwazją wroga, wzięły udział rodziny i przyjaciele. Pojawia się w niej na przykład Richard Linklater, reżyser filmów niezależnych z Teksasu oraz twórca „Beavisa i Buttheada”, Mike Judge. Natomiast kierownik zdjęć do filmu MALI AGENCI gra w tej scenie księdza. „Zawsze próbujemy zgromadzić na planie ludzi, którzy są dla nas ważni - mówi Elizabeth Avellan. Rodzinną atmosferę odczuwali wszyscy. „Na planie byliśmy wielką rodziną - mówi Carla Gugino. - Wielką rodziną z bardzo ważną misją do wypełnienia. I mieliśmy przy tym mnóstwo zabawy. Tak jak rodzina Cortezów.” I cała uwaga tej rodziny była poświęcona dzieciom, ponieważ jak zauważył Floop: „żeby myśleć o rzeczach wielkich, trzeba czasem myśleć o drobiazgach.”
