Zdjęcia do filmu LOT 93 rozpoczęły się w połowie listopada ubiegłego roku, w obiektach scenograficznych, które aktorzy poznali bardzo dobrze podczas czasu spędzonego na próbach. W pierwszych scenach wykorzystano cały samolot. Tak jak uprzednio, wszyscy weszli na pokład i drzwi zostały zamknięte. Zaczęto realizować ujęcia trwające od kilku, do nawet 40 minut. Zdjęcia wykonywane były przez dwóch operatorów kamer, którzy razem z dźwiękowcami i asystentem reżysera poruszali się po całym planie komunikując się z przebywającym na zewnątrz Greengrassem przez krótkofalówki.
Kolejnym etapem była realizacja scen w poszczególnych kabinach - najpierw ekonomicznej, potem pierwszej klasy. Wstrząsające ostatnie minuty pokazujące walkę o przejęcie kontroli nad samolotem zostały nakręcone odrębnie. Kokpit przymocowano do kontrolowanego przez komputer podnośnika hydraulicznego zaprojektowanego we współpracy z pionem efektów specjalnych. Podnośnik poruszał się symulując ruch wymykającego się spod kontroli samolotu.
Część samolotu, w której znajdowała się pierwsza klasa, została później przymocowana do obracającego się podnośnika, który był w stanie obrócić kabinę o 180 stopni podczas filmowania finałowych scen spadania samolotu. Aby zmniejszyć ryzyko obrażeń oparcia siedzeń zostały wypełnione miękką pianką zamiast twardego plastiku i metalu. Początkowo, w niebezpiecznych scenach aktorów mieli zastąpić kaskaderzy, ostatecznie jednak aktorzy zdecydowali, że sami chcą je wykonać.
Bywały chwile, kiedy zbieżność filmowego i realnego świata była dla wykonawców przytłaczającym doświadczeniem. Stewardessa United Airlines, Trisha Gates dwa dni przed 11 września została odwołana z lotu, który miała wykonać z Newark to Los Angeles. Dzień wcześniej leciała bowiem do Portland, gdzie utknęła na kolejne pięć dni. Do dzisiaj pamięta twarze członków załogi, którzy wtedy zginęli - a szczególnie twarz Sandry Bradshaw, kobiety, którą miała zagrać. Gates tak o tym mówi, „Przez pierwsze dwa tygodnie prób starałam się, aby wszystko wyglądało, jak najbardziej realnie i aby pozostałe stewardessy prawidłowo wykonywały wszystkie pokładowe procedury. W dniu, kiedy zaczynaliśmy zdjęcia poczułam olbrzymią odpowiedzialność, zdałam sobie sprawę, że Sandra była realna - uderzyło mnie to. Jeszcze raz przejrzałam wszystkie informacje i zdjęcia, i wiedziałam już, że muszę wykonać to zadanie najlepiej, jak potrafię. Przed każdym ujęciem spoglądałam na ich portret rodzinny i myślałam o dzieciach Sandry - najmłodsze z nich zupełnie jej nie pamięta. Naprawdę pękało mi wtedy serce”.
