Zdjęcia do "Księgi cieni" rozpoczęły się 5 marca 2000 r. i trwały 44 dni, w Baltimore i jego okolicach, w stanie Maryland. Berlinger zatrudnił uznaną operatorkę zdjęć, Nancy Schreiber, aby pomogła mu zrealizować jego wizję filmu. Schreiber jest autorką zdjęć do bardzo różnych i wysoko cenionych filmów, poczynając od nagrodzonego dokumentu "Visions of Light: 100 Years of Cinematography", kończąc na ostrej satyrze Neila LaBute'a "Your Friends and Neighbors". Berlinger wiedział, że jej wszechstronność będzie zaletą filmu.
"Jej prace obejmują całą gamę, od zdjęć robionych bez przygotowania po bardzo wysmakowane i piękne kompozycje. Nancy jest także znakomitym oświetleniowcem, co było istotne, bo chciałem, aby film był i piękny, i straszny."
Schreiber wyjaśnia, że bogate, głębokie światło w filmie i ziemska paleta kolorów zostały wybrane po to, aby pomóc widowni zidentyfikować się z bohaterami. "Nie chcieliśmy stworzyć wyłącznie horroru, w sensie formy. To była historia o tym, co może się przydarzyć normalnym ludziom. Chcieliśmy budować emocje widowni i pozwolić jej dać się ukołysać do koszmaru."
Oryginalna muzyka i ścieżka dźwiękowa "Księgi cieni" potęguje i wzmacnia zagrożenie, przemoc, tajemnicę, czające się tuż pod powierzchnią filmu. Symbol rocka, Marilyn Manson został producentem wykonawczym ścieżki dźwiękowej filmu. Manson sam napisał jeden utwór do filmu, a cała ścieżka dźwiękowa składa się z utworów ciemnego, groźnego metalu, granego przez znane zespoły, sprzedające swoje płyty w milionach egzemplarzy, takie jak Rob Zombie, System of Down and P.O.D.
Berlinger poprosił też sławnego kompozytora Cartera Burwella, aby ten napisał oryginalną muzykę do filmu, taką, która wykorzystywałaby dźwięki natury, związane z ziemią - dźwięki kamieni, wody. Reżyser mówi: "Chciałem, aby muzyka i wszystkie inne dźwięki z planu łączyły się i przechodziły jedno w drugie, tak, żeby widz nie wiedział, kiedy kończy się jeden dźwięk, a zaczyna drugi. Muzyka zawiera wiele magicznych elementów, co podkreśla między innymi to, że bohaterowie wracając z podróży, coś ze sobą przynieśli." To, czy bohaterowie przynieśli ze sobą coś, co zostało pochowane w ich własnych duszach, pozostaje otwartą kwestią.
