Kiedy filmowcy pochłonięci byli jeszcze opracowywaniem i udoskonalaniem scenariusza filmu oraz doborem kadry aktorskiej, trwały już prace związane ze znalezieniem odpowiednich miejsc, w których miały się rozgrywać wydarzenia przedstawione na ekranie. Już w pierwszej części twórcy filmu ze szczególną uwagą podeszli do elementu lokalizacji, która tak naprawdę stanowi integralną część historii Bourne’a. Jak być może widzowie pamiętają Bourne zdążył w pierwszej części trafić do Paryża, Zurichu i Włoch – ale nawet odwiedzając tak prominentne miejsca, filmowcy starali się zawsze uchwycić nieco mniej ‘pokazowe’ strony słynnych na całym świecie miast. Starali się trzymać z daleka od utartych, pocztówkowych wyobrażeń, skłaniając się raczej do pokazania surowego realizmu miejsc, co ma miejsce również w prezentowanym filmie.
Jak zauważa producent Frank Marshall, przy kręceniu drugiej części historii Bourne’a była okazja do złożenia hołdu zimnowojennej scenerii znanej z twórczości Ludluma: „Miliśmy możliwość zakorzenienia naszego filmu w miejscu, które tak naprawdę było samym centrum Zimnej Wojny. To miasto szpiegowski, centrum Europy, a obecnie niezwykle prężny ośrodek polityczny i ekonomiczny, miasto ekscytujące, wielowymiarowe i bardzo plastyczne – Berlin.
Duża część akcji przedstawionej w filmie „Krucjata Bourne’a” rozgrywa się właśnie w Berlinie, który odgrywa nie tylko swoją własną rolę, ale równocześnie zastępuje także plenery moskiewskie.
Takie miejsca nadają filmowi dodatkowo specyficznego charakteru i działają na wyobraźnię – Berlin był bowiem w latach Zimnej Wojny swoistą granicą dwóch systemów, podczas gdy w Moskwie zapadała większość decyzji obowiązujących w systemie komunistycznym. Dlatego też miejsca te mają niejako wbudowaną historyczną wartość, a jednocześnie są ekscytujące, niebezpieczne i nieprzewidywalne.”
Berlin i Moskwa nadają drugiej części filmu szczególnego wyrazu. Jak mówi reżyser Greengrass: „W pierwszej części w dużej mierze zdjęcia były kręcone w Paryżu. Tym razem myślę, że szczególnie zadziała na wyobraźnie przeniesienie akcji z gorących, pełnych kolorów plenerów Indii do monochromatycznej, zimowej scenerii Moskwy. Myślę, że to otoczenie oddaje również w pewien sposób stan naszego bohatera i charakter jego misji, która tym razem jest jeszcze bardziej niebezpieczna. Na swój sposób jest to nie tylko misja międzynarodowego superagenta, ale również podróż Bourne’a w głąb siebie. Berlin to w pewnym sensie miasto wietrzne, z oddechem, pełne otwartych przestrzeni. Z kolei Moskwa na tym tle robi wrażenie jeszcze większej izolacji.”
Odwrotnie niż ma to miejsce w filmie, pod koniec okresu zdjęciowego ekipa filmowców przeniosła się z europy do Azji, gdzie kręcone były sceny otwierających film sekwencji na Goa w Indiach. To właśnie tutaj, Bourne i Marie, podobnie jak wielu młodych i starszych podróżnych z Europy i Ameryki, znalazło schronienie od zgiełku wielkich miast. Tutaj, w przepięknych plenerach piaszczystych plaż, gajów palmowych i soczystej zieleni kręcone były między innymi sceny ucieczki Bourne’a i Marie oraz pościgu samochodowego z ich udziałem.
Tworząc film z gatunku kina akcji, pracujący nad nim specjaliści nie wzbraniali się przed wprowadzeniem do niego kilku zapierających dech w piersiach sekwencji akcji, które przecież stały się również wizytówką pierwszej części historii Bourne’a. Na czele zespołu kaskaderów stanął Dan Bradley, pod którego czujnym okiem powstawała między innymi sekwencja pościgu i walki na śmierć i życie pomiędzy Bournem i Kiryłem.
Jak mówi aktor Mat Damon: „Dan Bradley, reżyser drugiego planu i jednocześnie koordynator układów kaskaderskich odpowiedzialny był za większość znakomitych sekwencji akcji, które możemy podziwiać w filmie. Kulminacją tych zabiegów była chyba sekwencja pościgu, w którym zeskakuję z Mostu Freidrichstrasse.”
Aby przygotować aktorów do wymagających dużej sprawności fizycznej scen akcji, Bradley zorganizował dla nich w Berlinie, już w trakcie trwania prac nad filmem, przyspieszony kurs szkoleniowy, w czasie którego mogli nauczyć się specjalnej jazdy samochodem, posługiwania się różną bronią i opanować kilka innych ‘chwytów kaskaderskich’.
Nie trzeba chyba dodawać, że wiele scen kręconych było na lądzie, w wodzie i w powietrzu, co wymagało od aktorów szczególnych umiejętności i sprawności fizycznych. Bradley nie szczędzi jednak słów pochwały pod adresem aktorów, szczególnie zaś Mata Damona, który niejednokrotnie wykazał się wyjątkową sprawnością i odwagą.
Jak podkreśla producent Crowley: „Twórcy filmu, Dan (Bradley) i jego zespół wykonali kawał dobrej roboty jeśli chodzi o sekwencje akcji w filmie. Jednocześnie wszyscy starali się unikać wytartych schematów dotyczących tego, jak kino akcji powinno wyglądać i jak to wszystko ma być zarejestrowane kamerą. Myślę, że widzowie docenią efekt naszych starań.”
