Film opowiada historię El Topo (Kreta, w tej roli sam Jodorowski), bezimiennego włóczęgi i rewolwerowca. Mężczyzna wędruje przez pustynię wraz ze swoim synkiem, docierając w końcu do wsi, której mieszkańcy zostali wymordowani.
W ramach zemsty pokonuje okrutnych i perwersyjnych bandytów terroryzujących okolicę. Ratuje z ich rąk kobietę, z którą wyrusza na misję pokonania czterech mistrzów rewolweru. By zasłużyć na jej miłość przechodzi pomyślnie serię prób, zwyciężając wszystkich, jednakże ukochana zostawia go, śmiertelnie rannego, i odjeżdża z inną kobietą.
Kret zostaje z niczym, wszystko o co walczył - ulotniło się. Znaleziony na pustyni przez klan kalek i karłów po wielu latach w śpiączce odradza się jako święty głupiec. Postanawia pomóc swoim wybawcom w ucieczce z ich skalistego więzienia wykopując tunel do niedalekiego miasteczka, rządzonego przez zdeprawowanego szeryfa i opanowanego przez dziwaczny kult religijny. Głęboko burżuazyjne miasto pod maską purytanizmu ukrywa społecznie usankcjonowany rasizm, ekonomiczny wyzysk, rozpustę i przemoc. Bohaterowi udaje się ukończyć tunel co, niestety, prowadzi do tragedii.
